Team Leonid Padyukov
Team Padyukovs forskning är fokuserad på risken och förloppet av autoimmuna sjukdomar, och i slutändan på att hitta mekanismerna för utveckling av autoimmuna sjukdomar. Specifikt har arbetet som utförs inom Leonids grupp tre huvudinriktningar:
Genetiska associationsstudier av inflammatoriska och autoimmuna sjukdomar, inklusive sjukdomsundergrupper.
Gen-gen och gen-miljö interaktionsstudier i autoimmuna sjukdomar.
Funktionella genetiska och genomiska studier av inflammatorisk och immunfenotyp.
Team Leonid Padyukov ingår i forskargruppen: Lars Klareskog.
Genetik för autoimmuna sjukdomar
Mänskliga komplexa sjukdomar kännetecknas av involvering av både miljömässiga och genetiska faktorer med viktiga bidrag från gen-gen- och gen-miljöinteraktioner. Många sjukdomars patvägar av denna typ påverkas genom immunologiska mekanismer, t.ex. inflammation. Vi vill förstå hur genetiska variationer påverkar utveckling och/eller skydd mot vanliga komplexa autoimmuna och inflammatoriska sjukdomar hos människor.
För att fastställa de genetiska komponenterna hos sjukdomen utför vi analyser av genetiska markörer i flera locus som visats vara kopplade eller associerade med denna sjukdom, t.ex. genom genomsnittlig föreningstudie, tätkartläggning av locus eller resekvensering. Vårt främsta fokus inom genomet är HLA-locus. Reumatoid artrit, idiopatisk myosit, SLE, IgA-njursjukdom, astma, MCTD och multipel skleros är ämnen för våra undersökningar under de senaste åren. Vi ägnar särskild uppmärksamhet åt genetiska markörer med funktionellt värde, vilka kan påverka molekylens struktur eller reglera viktiga funktioner. Vi utför funktionella genetiska studier med hjälp av DNA-metylering, mRNA och analys av proteinuttryck.
Ingripande av vanliga genetiska variationer med splicingmekanismer är ett av våra fokusområden inom funktionell genetik, och sådana mekanismer utgör en tydlig bakgrund för gen-miljöinteraktion. Strukturella variationer, haplotypanalys och populationsgenetik faller också inom vårt expertisområde, vilket ger oss möjlighet att utvidga den etablerade rollen för genetiska faktorer till olika etniska grupper och populationer. Integrationen av genetik, genomik, epigenetik och proteomik står på vår dagordning när det gäller studiet av sjukdomskänslighet och farmakogenomik vid reumatoid artrit, specifikt i relation till MTX- och anti-TNF-behandling.
Vår forskningsstrategi är att kombinera en translational ansats med grundvetenskap genom att analysera kliniskt material från tillgängliga biobanker och utforska nya bioinformatiska verktyg för dataintegration.
Gruppmedlemmar
Leonid Padyukov
Senior forskare/ teamledareUtvalda publikationer
A Gene-Environment Interaction Between Smoking and Gene polymorphisms Provides a High Risk of Two Subgroups of Sarcoidosis.
Rivera NV, Patasova K, Kullberg S, Diaz-Gallo LM, Iseda T, Bengtsson C, Alfredsson L, Eklund A, Kockum I, Grunewald J, Padyukov L
Sci Rep 2019 12;9(1):18633
Systematic approach demonstrates enrichment of multiple interactions between non-HLA risk variants and HLA-DRB1 risk alleles in rheumatoid arthritis.
Diaz-Gallo LM, Ramsköld D, Shchetynsky K, Folkersen L, Chemin K, Brynedal B, Uebe S, Okada Y, Alfredsson L, Klareskog L, Padyukov L
Ann Rheum Dis 2018 10;77(10):1454-1462
T-cell transcriptomics from peripheral blood highlights differences between polymyositis and dermatomyositis patients.
Houtman M, Ekholm L, Hesselberg E, Chemin K, Malmström V, Reed AM, Lundberg IE, Padyukov L
Arthritis Res Ther 2018 08;20(1):188
T cells are influenced by a long non-coding RNA in the autoimmune associated PTPN2 locus.
Houtman M, Shchetynsky K, Chemin K, Hensvold AH, Ramsköld D, Tandre K, Eloranta ML, Rönnblom L, Uebe S, Catrina AI, Malmström V, Padyukov L
J Autoimmun 2018 06;90():28-38
Common variants of T-cells contribute differently to phenotypic variation in sarcoidosis.
Rivera NV, Hagemann-Jensen M, Ferreira MAR, Kullberg S, Eklund A, Martin NG, Padyukov L, Grunewald J
Sci Rep 2017 07;7(1):5623
Differences in the Spectrum of Anti-Citrullinated Protein Antibody Fine Specificities Between Malaysian and Swedish Patients With Rheumatoid Arthritis: Implications for Disease Pathogenesis.
Too CL, Murad S, Hansson M, Alm LM, Dhaliwal JS, Holmdahl R, Jakobsson PJ, Alfredsson L, Klareskog L, Rönnelid J, Padyukov L
Arthritis Rheumatol 2017 01;69(1):58-69
Gene-gene interaction and RNA splicing profiles of MAP2K4 gene in rheumatoid arthritis.
Shchetynsky K, Protsyuk D, Ronninger M, Diaz-Gallo LM, Klareskog L, Padyukov L
Clin Immunol 2015 May;158(1):19-28
A genome-wide association study of rheumatoid arthritis without antibodies against citrullinated peptides.
Bossini-Castillo L, de Kovel C, Kallberg H, van 't Slot R, Italiaander A, Coenen M, Tak PP, Posthumus MD, Wijmenga C, Huizinga T, van der Helm-van Mil AH, Stoeken-Rijsbergen G, Rodriguez-Rodriguez L, Balsa A, González-Álvaro I, González-Gay MÁ, Gómez-Vaquero C, Franke B, , Vermeulen S, van der Horst-Bruinsma Ie, Dijkmans BA, Wolbink GJ, Ophoff RA, Maehlen MT, van Riel P, Merriman M, Klareskog L, Lie BA, Merriman T, Crusius JB, Brouwer E, Martin J, de Vries N, Toes R, Padyukov L, Koeleman BP
Ann Rheum Dis 2015 Mar;74(3):e15
Genetic vectors as a tool in association studies: definitions and application for study of rheumatoid arthritis.
Sandalov I, Padyukov L
Int J Genomics 2015 ;2015():256818
Genetics of rheumatoid arthritis contributes to biology and drug discovery.
Okada Y, Wu D, Trynka G, Raj T, Terao C, Ikari K, Kochi Y, Ohmura K, Suzuki A, Yoshida S, Graham RR, Manoharan A, Ortmann W, Bhangale T, Denny JC, Carroll RJ, Eyler AE, Greenberg JD, Kremer JM, Pappas DA, Jiang L, Yin J, Ye L, Su DF, Yang J, Xie G, Keystone E, Westra HJ, Esko T, Metspalu A, Zhou X, Gupta N, Mirel D, Stahl EA, Diogo D, Cui J, Liao K, Guo MH, Myouzen K, Kawaguchi T, Coenen MJ, van Riel PL, van de Laar MA, Guchelaar HJ, Huizinga TW, Dieudé P, Mariette X, Bridges SL, Zhernakova A, Toes RE, Tak PP, Miceli-Richard C, Bang SY, Lee HS, Martin J, Gonzalez-Gay MA, Rodriguez-Rodriguez L, Rantapää-Dahlqvist S, Arlestig L, Choi HK, Kamatani Y, Galan P, Lathrop M, , , Eyre S, Bowes J, Barton A, de Vries N, Moreland LW, Criswell LA, Karlson EW, Taniguchi A, Yamada R, Kubo M, Liu JS, Bae SC, Worthington J, Padyukov L, Klareskog L, Gregersen PK, Raychaudhuri S, Stranger BE, De Jager PL, Franke L, Visscher PM, Brown MA, Yamanaka H, Mimori T, Takahashi A, Xu H, Behrens TW, Siminovitch KA, Momohara S, Matsuda F, Yamamoto K, Plenge RM
Nature 2014 Feb;506(7488):376-81
Epigenome-wide association data implicate DNA methylation as an intermediary of genetic risk in rheumatoid arthritis.
Liu Y, Aryee MJ, Padyukov L, Fallin MD, Hesselberg E, Runarsson A, Reinius L, Acevedo N, Taub M, Ronninger M, Shchetynsky K, Scheynius A, Kere J, Alfredsson L, Klareskog L, Ekström TJ, Feinberg AP
Nat Biotechnol 2013 Feb;31(2):142-7
The balance of expression of PTPN22 splice forms is significantly different in rheumatoid arthritis patients compared with controls.
Ronninger M, Guo Y, Shchetynsky K, Hill A, Khademi M, Olsson T, Reddy PS, Seddighzadeh M, Clark JD, Lin LL, O'Toole M, Padyukov L
Genome Med 2012 Jan;4(1):2
TRAF1-C5 as a risk locus for rheumatoid arthritis--a genomewide study.
Plenge RM, Seielstad M, Padyukov L, Lee AT, Remmers EF, Ding B, Liew A, Khalili H, Chandrasekaran A, Davies LR, Li W, Tan AK, Bonnard C, Ong RT, Thalamuthu A, Pettersson S, Liu C, Tian C, Chen WV, Carulli JP, Beckman EM, Altshuler D, Alfredsson L, Criswell LA, Amos CI, Seldin MF, Kastner DL, Klareskog L, Gregersen PK
N Engl J Med 2007 Sep;357(12):1199-209
Common variations in the IL4R gene affect splicing and influence natural expression of the soluble isoform.
Bergin AM, Balder B, Kishore S, Swärd K, Hahn-Zoric M, Löwhagen O, Hanson LA, Padyukov L
Hum Mutat 2006 Oct;27(10):990-8
A gene-environment interaction between smoking and shared epitope genes in HLA-DR provides a high risk of seropositive rheumatoid arthritis.
Padyukov L, Silva C, Stolt P, Alfredsson L, Klareskog L
Arthritis Rheum 2004 Oct;50(10):3085-92