Forskargrupp Eduardo Villablanca
Inflammatorisk tarmsjukdom (IBD), inklusive Crohns sjukdom (CD) och ulcerös kolit (UC), är en manifestation av ett olämpligt inflammatoriskt svar på mikroorganismer i tarmen hos genetiskt predisponerade individer. Även om betydande framsteg har gjorts under det senaste decenniet när det gäller att definiera den genetiska arkitekturen för IBD, finns det för närvarande inget botemedel, troligtvis på grund av en ännu ofullständig förståelse av orsakerna som leder till IBD.
Immuncellhomoestas i tarmbarriären
Vår grupp försöker förstå de genetiska, cellulära och miljö-faktorer som bidrar till ökad risk för inflammatorisk tarmsjukdom (IBD). Vi har utvecklat ett forskningsprogram som integrerar cellulär immunologi, bioinformatik och skapandet av nya in vivo-modeller för att i slutändan undersöka funktionen hos IBD-associerade polymorfismer samt för att studera värd-mikrobiota-interaktioner. I synnerhet försöker vi förstå hur avreglering av intestinal immunhomeostas kan leda till IBD och försöker upptäcka funktionen hos IBD-riskgener identifierade av Genome Wide Association Studies (GWAS).
För att upptäcka funktionen hos IBD-riskgener fokuserar vi på biologiska processer som är involverade vid initieringen (priming av adaptiva immunsvar), progression (kronisk inflammation) eller upplösning (vävnadsreparation) av IBD. För att översätta genetiska mutationer till funktion har vi utvecklat en innovativ pipeline som integrerar bioinformatik och djurmodeller, inklusive zebrafisk och mus, för att slutligen validera kandidatmutationer i mänskliga vävnader med hjälp av organoider. Vi strävar efter att förändra det sätt på vilket gen-miljö-interaktioner för närvarande undersöks.
Pågående forskningsprojekt
- Characterization of UC1 and UC2 patients; towards precision medicine in UC.
- Defining the cellular and molecular architecture of intestinal regeneration following acute inflammation.
- Uncoupling cellular and molecular mechanisms of intestinal regeneration and tumorigenesis.
- Using zebrafish to study the impact of gene-environment interaction in inflammatory bowel diseases.
- Regulation of Intestinal immunity and response to pathogens by dietary-derived nuclear receptor ligands.
- Generation of the spatial transcriptomic atlas of the murine GI tract in health and disease.
Gruppmedlemmar
Eduardo Villablanca
Senior forskare, forskargruppsledare.Sanghita Benerjee, postdoktor (2020-).
Rebeca Cardoso doktorand (2017-).
Francisca Castillo, doktorand (2020-).
Das Srustidhar, PhD, forskningsspecialist (2015-).
Jennifer Fransson, PhD, postdoktor (2020-).
Xinxin Luo, doktorand (2020-).
Gustavo Monasterio, postdoktor (2020-).
Rodrigo Morales, PhD, postdoktor (2018-).
Katja Selin, doktorand (2020-).
Oscar Diaz Perez, doktorand.
Chiara Sorini, Anknuten.
Nicola Galiani, forskarassistent.
Tidigare medlemmar:
- Sara Fernandez, Research tech (2015).
- Paulo Czarnewski, PhD / Postdoc (2015).
- Suvi Karvinen, Master student (2017).
- Muksheed Shaik, Research tech (2017).
- Anders Appelblom, Master student (2017).
- Shuangjia Xue, Master student (2017).
- Cristian Doñas, PhD / Postdoc (2019).
- Martina Parigi, PhD student (2020).
- Annika Frede, PhD / Postdoc (2020).
- Roham Parsa, PhD / Postdoc (2020).
- Santoshnisikranth Inampudi, Research tech (2020).
- Kumar P. Tripathi, PhD / Postdoc (2020).
- Oscar Diaz Perez, PhD student (2021).
- Nicola Gagliani, Assistant Professor (2021).
- Chiara Zagami, Student (2021).
- Chiara Sorini, PhD, Postdoc (2021).
Gruppens uppsättning och mål
Our mission:
To understand the genetic, cellular and eniviromental contribution towards IBD susceptibility.
Samarbeten
Our research program is also energized and diversified through international collaborations with leading scientists in the field. These include Dr. Samuel Huber and Dr. Nicola Gagliani at the Universitätsklinikum Hamburg-Eppenddorf (UKE, Hamburg, Germany).
In addition, I collaborate closely with Professor Miguel Allende (Universidad de Chile, Chile) and Dr. Pedro Hernandez (Institut Curie, Paris, France), who contribute with expertise on zebrafish-specific methodologies and reporters; Dr. Ana-Maria Lennon (Institut Curie, Paris, France), Dr. Matteo Iannacone (San Raffaele, Italy) who are expert in imaging and cell migration; Dr. Jan H. Niess (Univ. Bern, Switzerland), Professor Yasmine Belkaid (NIH, Bethesda, USA) and Professor Dennis L. Kasper (Harvard Medical School, Boston, USA) who are experts in mucosal immunology and interaction with the environment (e.g. dietary compounds and microbiota); Dr Moshe Biton (Weizmann institutet, Israel), Dr. Andreas Schlitzer (University of Bonn, Germany), who are experts in immunology and systems biology, and Professor Ramnik Xavier (Broad Institute, Boston, USA) who is an expert in IBD and systems immunology.
Forskningsstöd
- Crohn’s & Colitis Foundation of America (CCFA), USA
- Swedish Research Council
- EASI-Genomics
- NBIS/SciLifeLab Bioinformatics
- KI StratRegen
- Karolinska Institutet
- Knut and Alice Wallenberg Foundation
- China Scholarship Council (CSC)
- Ruth and Richard Julin’s Foundation
- FORMAS
- Cancerfonden
Utvalda publikationer
The spatial transcriptomic landscape of the healing mouse intestine following damage.
Parigi SM, Larsson L, Das S, Ramirez Flores RO, Frede A, Tripathi KP, Diaz OE, Selin K, Morales RA, Luo X, Monasterio G, Engblom C, Gagliani N, Saez-Rodriguez J, Lundeberg J, Villablanca EJ
Nat Commun 2022 02;13(1):828
Perfluorooctanesulfonic acid modulates barrier function and systemic T-cell homeostasis during intestinal inflammation.
Diaz OE, Sorini C, Morales RA, Luo X, Frede A, Krais AM, Chávez MN, Wincent E, Das S, Villablanca EJ
Dis Model Mech 2021 12;14(12):
Epithelial colonization by gut dendritic cells promotes their functional diversification.
Rivera CA, Randrian V, Richer W, Gerber-Ferder Y, Delgado MG, Chikina AS, Frede A, Sorini C, Maurin M, Kammoun-Chaari H, Parigi SM, Goudot C, Cabeza-Cabrerizo M, Baulande S, Lameiras S, Guermonprez P, Reis e Sousa C, Lecuit M, Moreau HD, Helft J, Vignjevic DM, Villablanca EJ, Lennon-Duménil AM
Immunity 2022 01;55(1):129-144.e8
Retinoic acid induced cytokines are selectively modulated by liver X receptor activation in zebrafish.
Diaz OE, Xue S, Luo X, Nava J, Appelblom A, Morales RA, Das S, Villablanca EJ
Reprod Toxicol 2020 04;93():163-168
Conserved transcriptomic profile between mouse and human colitis allows unsupervised patient stratification.
Czarnewski P, Parigi SM, Sorini C, Diaz OE, Das S, Gagliani N, Villablanca EJ
Nat Commun 2019 06;10(1):2892
β7 integrins contribute to intestinal tumor growth in mice.
Das S, Doñas C, Akeus P, Quiding-Järbrink M, Mora JR, Villablanca EJ
PLoS One 2018 ;13(9):e0204181
Lysophosphatidic Acid-Mediated GPR35 Signaling in CX3CR1+ Macrophages Regulates Intestinal Homeostasis.
Kaya B, Doñas C, Wuggenig P, Diaz OE, Morales RA, Melhem H, , Hernández PP, Kaymak T, Das S, Hruz P, Franc Y, Geier F, Ayata CK, Villablanca EJ, Niess JH
Cell Rep 2020 08;32(5):107979
β7 integrins are required to give rise to intestinal mononuclear phagocytes with tolerogenic potential.
Villablanca EJ, De Calisto J, Torregrosa Paredes P, Cassani B, Nguyen DD, Gabrielsson S, Mora JR
Gut 2014 Sep;63(9):1431-40
MyD88 and retinoic acid signaling pathways interact to modulate gastrointestinal activities of dendritic cells.
Villablanca EJ, Wang S, de Calisto J, Gomes DC, Kane MA, Napoli JL, Blaner WS, Kagechika H, Blomhoff R, Rosemblatt M, Bono MR, von Andrian UH, Mora JR
Gastroenterology 2011 Jul;141(1):176-85
Tumor-mediated liver X receptor-alpha activation inhibits CC chemokine receptor-7 expression on dendritic cells and dampens antitumor responses.
Villablanca EJ, Raccosta L, Zhou D, Fontana R, Maggioni D, Negro A, Sanvito F, Ponzoni M, Valentinis B, Bregni M, Prinetti A, Steffensen KR, Sonnino S, Gustafsson JA, Doglioni C, Bordignon C, Traversari C, Russo V
Nat Med 2010 Jan;16(1):98-105
