Tanskriptionell grund för icke-genetisk cellulär heterogenitet – Vicent Pelechanos grupp

Inom biologin är en av de största utmaningarna att förstå varför till synes identiska celler reagerar olika på samma stimulans. Ibland kan detta varierande beteende förklaras av förändringar i deras genetiska material, medan identiska (klonala) celler ibland också uppvisar fenotypiskt heterogena svar. Vi använder modern genomisk teknik för att undersöka regleringsmekanismerna bakom utvecklingen av avvikande genuttrycksprogram i klonala populationer.

En del av Institutionen för mikrobiologi, tumör- och cellbiologi

Publikationer
Medarbetare och kontakt

Publikationer

Utvalda publikationer

Article: SCIENCE ADVANCES. 2023;9(36):eadi4997
Digital assay for rapid electronic quantification of clinical pathogens using DNA nanoballs
Tayyab M; Barrett D; van Riel G; Liu S; Reinius B; Scharfe C; Griffin P; Steinmetz LM; Javanmard M; Pelechano V
Article: NATURE MICROBIOLOGY. 2023;8(6):1123-1136
Atlas of mRNA translation and decay for bacteria
Huch S; Nersisyan L; Ropat M; Barrett D; Wu M; Wang J; Valeriano VD; Vardazaryan N; Huerta-Cepas J; Wei W; Du J; Steinmetz LM; Engstrand L; Pelechano V
Article: NATURE COMMUNICATIONS. 2023;14(1):910
Differential regulation of mRNA stability modulates transcriptional memory and facilitates environmental adaptation
Li B; Zeis P; Zhang Y; Alekseenko A; Fuerst E; Sanchez YP; Lin G; Tekkedil MM; Piazza I; Steinmetz LM; Pelechano V
Article: NAR GENOMICS AND BIOINFORMATICS. 2022;4(2):lqac048
OPUSeq simplifies detection of low-frequency DNA variants and uncovers fragmentase-associated artifacts
Alekseenko A; Wang J; Barrett D; Pelechano V
Article: CELL REPORTS: METHODS. 2021;1(1):100001
High-throughput 5'P sequencing enables the study of degradation-associated ribosome stalls
Zhang Y; Pelechano V
Article: SCIENTIFIC REPORTS. 2021;11(1):1820
Direct detection of SARS-CoV-2 using non-commercial RT-LAMP reagents on heat-inactivated samples
Alekseenko A; Barrett D; Pareja-Sanchez Y; Howard RJ; Strandback E; Ampah-Korsah H; Rovsnik U; Zuniga-Veliz S; Klenov A; Malloo J; Ye S; Liu X; Reinius B; Elsasser SJ; Nyman T; Sandh G; Yin X; Pelechano V
Article: NAR GENOMICS AND BIOINFORMATICS. 2020;2(4):lqaa099
Improved computational analysis of ribosome dynamics from 5′P degradome data using fivepseq
Nersisyan L; Ropat M; Pelechano V
Article: NUCLEIC ACIDS RESEARCH (NAR). 2020;48(18):e104
TIF-Seq2 disentangles overlapping isoforms in complex human transcriptomes
Wang J; Li B; Marques S; Steinmetz LM; Wei W; Pelechano V
Article: GENOME RESEARCH. 2019;29(12):1974-1984
Chromatin-sensitive cryptic promoters putatively drive expression of alternative protein isoforms in yeast
Wei W; Hennig BP; Wang J; Zhang Y; Piazza I; Sanchez YP; Chabbert CD; Adjalley SH; Steinmetz LM; Pelechano V
Article: CELL. 2015;161(6):1400-1412
Widespread Co-translational RNA Decay Reveals Ribosome Dynamics
Pelechano V; Wei W; Steinmetz LM
Article: NATURE. 2013;497(7447):127-131
Extensive transcriptional heterogeneity revealed by isoform profiling
Pelechano V; Wei W; Steinmetz LM

Medarbetare och kontakt

Gruppledare

Vicente Pelechano Garcia
Senior Forskare | Docent
E-postadress vicente.pelechano.garcia@ki.se

Alla medarbetare i gruppen

Wasma A. Abdelgadir
Forskningsingenjör
E-postadress wasma.amin.abdelgadir.ahmed@ki.se
Donal Barrett
Doktorand | Laboratorietekniker
E-postadress donal.barrett@ki.se
Guido Baselli
Postdoktor
E-postadress guido.baselli@ki.se
Eva Brinkman
Postdoktor
E-postadress eva.brinkman@ki.se
Adriana Carvajal Jimenez
Doktorand
E-postadress adriana.carvajal.jimenez@ki.se
Susanne Huch
Forskningsspecialist
E-postadress susanne.huch@ki.se
Ryan Hull
Postdoktor
E-postadress ryan.hull@ki.se
Honglian Liu
Doktorand
E-postadress honglian.liu@ki.se
Mandy Meijer
Postdoktor
E-postadress mandy.meijer@ki.se
Yerma Pareja Sanchez
Forskningsingenjör
E-postadress yerma.pareja.sanchez@ki.se
Vicente Pelechano Garcia
Senior Forskare | Docent
E-postadress vicente.pelechano.garcia@ki.se
Ilaria Piazza
Senior Forskare
E-postadress ilaria.piazza@ki.se
Carlos Santolaria Bello
Postdoktorala Studier
E-postadress carlos.santolaria.bello@ki.se
Irene Stevens
Doktorand
E-postadress irene.stevens@ki.se
Marcel Tarbier
Postdoktor
E-postadress marcel.tarbier@ki.se
Anna Toldrá Filella
Postdoktor
E-postadress anna.toldra.filella@ki.se
Gaoyang Wang
Forskningsassistent
E-postadress gaoyang.wang@ki.se
Luke White
Postdoktor
E-postadress luke.white@ki.se
Yujie Zhang
Postdoktor
E-postadress yujie.zhang@ki.se
Hui Zhou
Postdoktor
E-postadress hui.zhou@ki.se