Skip to main content

Janne Lehtiös forskargrupp

Proteomik för att förbättra behandlingen av cancerpatienter. Proteiner är en viktig grupp av biomolekyler i alla levande organismer och genomför viktiga funktioner såsom cellulär signalering, enzymatiska aktiviteter samt är viktiga för upprätthållandet av cytoskelettet och immunförsvaret.

Group picture of the Janne Lehtiö group

Proteomet är proteinernas motsvarighet till genomet. Till skillnad från genomet så förändras ständigt det mänskliga proteomet beroende på stimuli från omgivningen. För att förstå mänskliga sjukdomar och för att finna effektiva behandlingar är det viktigt att förstå förändringar i proteomet. Detta kan belysas av det faktum att över 96 % av alla läkemedel påverkar proteiner.

Proteomik är ett forskningsområde som syftar till att studera globala förändringar i proteomet för att förstå proteiners funktioner i ett större biologiskt nätverk/perspektiv. Proteomik är ett samlingsnamn på flera tekniker och metoder för analys av ett proteom. Under de senaste åren har utvecklingen av masspektrometri (MS) baserade metoder för att studera proteomet varit enastående.

I vår forskargrupp utvecklar vi och använder MS-baserade proteomikmetoder för att förbättra personlig cancerterapi och för att förstå förändringar på proteinnivå i samband med sjukdomar. Ett stort antal nya läkemedelssubstanser för målinriktad cancerbehandling håller på att tas fram och introduceras på marknaden. Samtidigt är det idag många lovande läkemedel som inte används till sin fulla potential på grund av bristen på information om när och till vem läkemedlet ska ges. Därför måste vi ha markörer för att möjliggöra ett effektivt urval av läkemedel för varje patient. Vi strävar efter att använda proteominformationen för att utveckla prediktiva analysverktyg och nya molekylära markörer för att välja ut den mest effektiva behandlingen för varje enskild cancerpatient.

Vi är för närvarande bland annat engagerade i ett metodutvecklingsprojekt för att förbättra vävnads- och plasmaproteomik, exempelvis med hjälp av isoelektrisk fokusering av peptider som en pre-fraktioneringsmetod. Vi arbetar också med att förbättra analysen av posttranslationella modifieringar, analysera subcellulär relokalisering och att med så kallad riktad proteomik öka känsligheten och genomströmningen vid klinisk validering av proteomikdata. Ett korrekt fastställande av proteinnivåskillnader är beroende av hur analysmetoderna utvecklas för att förbättra kvantifieringen av proteiner. Denna typ av metodutveckling är något vi jobbar mycket med i vår grupp. Förutom att förbättra kliniska proteomikmetoder inriktar vi oss på forskning av behandlingsrelaterade proteomförändringar i endokrina tumörer samt bröst- och lungcancer.

Masspektrometrisk instrumentering

Vi använder de senaste instrumenten för proteinanalys:

  • MS LTQ Orbitrap Velos Pro, Thermo Scientific
  • MS Orbitrap Q Exactive, Thermo Scientific
  • High resolution Q-TOF 6540, Agilent
  • LC-Triple Q-MS 6410, Agilent
  • LC-Triple Q-MS 6490, with iFUNNEL system, Agilent

I samarbete med Pär Nordlunds, David Lanes, Sonia Lains and Mathias Uhlens grupper, har vi också följande instrument:

  • MS Orbitrap Fusion
  • 2x MS Q Exactive HF
  • MS MS Orbitrap Q Exactive

Lehtiös forskargrupp är en del av Science for Life Laboratory, Stockholm (www.scilifelab.se).

Doktorandkurser

Vi anordnar två doktorandkurser varje år under hösten:

"Mass spectrometry based proteomics: When and How" (länk till kursplan) som går i november. Kursansvarig: Henrik Johansson, henrik.johansson@ki.se

"Omics data analysis: From quantitative data to biological information" (länk till kursplan) som går i oktober. Kursansvarig: Mattias Vesterlund, mattias.vesterlund@ki.se

Gruppmedlemmar

Janne Lehtiö, PhD, Professor, Group Leader

Taner Arslan, MSc, PhD Student

Ghazaleh Assadi, PhD, Lab coordinator

Haris Babacic, MD, PhD student

Jorrit Boekel, PhD, Scientific programmer

Rui Branca, PhD, Senior scientist

Helena Bäckvall, PhD, Research coordinator

Xiaofang Cao, PhD, Research Engineer

Jenny Forshed, PhD, Associate Professor

Rozbeh Jafari, PhD, Assistant Professor

Henrik Johansson, PhD, Senior Scientist

Elena Kunold, PhD, Postdoc

Kaveh Moazemi-Goudarzi, PhD, Research Engineer

Georgios Mermelekas, PhD, Senior Research Engineer

Lukas Orre, PhD, Senior scientist

Yanbo Pan, PhD, Postdoc

Maria Pernemalm, PhD, Assistant Professor

Mohammad Pirmoradian, PhD, Research Engineer

Maan Rachid, PhD, Postdoc/bioinformatician

AnnSofi Sandberg, PhD, Bioinformatician

John Siavelis, MD, MSc, PhD student

Fabio Sociarelli, MD, PhD student

Matthias Stahl, PhD, Postdoc

David Tamborero, PhD, Scientist/bioinformatician

Husen Umer, PhD, Postdoc

Mattias Vesterlund, PhD, Postdoc

Yan Tran Zhou, MSc, PhD-student  

Affiliated members

Filip Mundt, PhD

Utvalda publikationer

Breast cancer quantitative proteome and proteogenomic landscape.
Johansson HJ, Socciarelli F, Vacanti NM, Haugen MH, Zhu Y, Siavelis I, et al
Nat Commun 2019 04;10(1):1600

In-depth human plasma proteome analysis captures tissue proteins and transfer of protein variants across the placenta.
Pernemalm M, Sandberg A, Zhu Y, Boekel J, Tamburro D, Schwenk JM, et al
Elife 2019 Apr;8():

Proteogenomics and Hi-C reveal transcriptional dysregulation in high hyperdiploid childhood acute lymphoblastic leukemia.
Yang M, Vesterlund M, Siavelis I, Moura-Castro LH, Castor A, Fioretos T, et al
Nat Commun 2019 04;10(1):1519

SubCellBarCode: Proteome-wide Mapping of Protein Localization and Relocalization.
Orre LM, Vesterlund M, Pan Y, Arslan T, Zhu Y, Fernandez Woodbridge A, et al
Mol. Cell 2019 Jan;73(1):166-182.e7

Discovery of coding regions in the human genome by integrated proteogenomics analysis workflow.
Zhu Y, Orre LM, Johansson HJ, Huss M, Boekel J, Vesterlund M, et al
Nat Commun 2018 03;9(1):903

Proteogenomics produces comprehensive and highly accurate protein-coding gene annotation in a complete genome assembly of Malassezia sympodialis.
Zhu Y, Engström PG, Tellgren-Roth C, Baudo CD, Kennell JC, Sun S, et al
Nucleic Acids Res. 2017 03;45(5):2629-2643

Isoelectric point-based fractionation by HiRIEF coupled to LC-MS allows for in-depth quantitative analysis of the phosphoproteome.
Panizza E, Branca RMM, Oliviusson P, Orre LM, Lehtiö J
Sci Rep 2017 07;7(1):4513

Multi-omic data analysis using Galaxy.
Boekel J, Chilton JM, Cooke IR, Horvatovich PL, Jagtap PD, Käll L, et al
Nat. Biotechnol. 2015 Feb;33(2):137-9

SpliceVista, a tool for splice variant identification and visualization in shotgun proteomics data.
Zhu Y, Hultin-Rosenberg L, Forshed J, Branca RM, Orre LM, Lehtiö J
Mol. Cell Proteomics 2014 Jun;13(6):1552-62

HiRIEF LC-MS enables deep proteome coverage and unbiased proteogenomics.
Branca RM, Orre LM, Johansson HJ, Granholm V, Huss M, Pérez-Bercoff Å, et al
Nat. Methods 2014 Jan;11(1):59-62

Quantitative proteomics profiling of primary lung adenocarcinoma tumors reveals functional perturbations in tumor metabolism.
Pernemalm M, De Petris L, Branca RM, Forshed J, Kanter L, Soria JC, et al
J. Proteome Res. 2013 Sep;12(9):3934-43

Retinoic acid receptor alpha is associated with tamoxifen resistance in breast cancer.
Johansson HJ, Sanchez BC, Mundt F, Forshed J, Kovacs A, Panizza E, et al
Nat Commun 2013 ;4():2175

Komplett publikationslista (uppdaterad i april 2019)

Kontakt:

Janne Lehtiö, professor, gruppledare, Janne.Lehtio@ki.se

Helena Bäckvall, PhD, forskningskoordinator, Helena.Backvall@ki.se