Janne Lehtiös forskargrupp

Vår forskargrupp arbetar med cancerproteogenomik för ny biologisk kunskap och implementering av precisionsmedicin.

. Proteomik är ett samlingsnamn för flera tekniker och metoder för global analys av proteiner i biologiska prover, så som celler och vävnader. Proteiner är livsviktiga för alla levande organismer och är involverade i praktiskt taget alla biologiska funktioner, från att påskynda kemiska reaktioner som enzymer till cellulär signalering samt fungera som hormonella signalmolekyler, tillhandahålla igenkänningsställen för immunsystemet och fungera som byggstenar som är ansvariga för att upprätthålla cellens form och struktur.

Forskargruppen Cancer Proteomik Masspektrometri som leds av professor Janne Lehtiö utvecklar kontinuerligt masspektrometri (MS)-baserade metoder för att förbättra analysen av proteomet. Vi använder omikmetoder för att få detaljerade bilder av den molekylära fenotypen av cancerceller, tumörer och plasma på systemnivå. En grundläggande fråga är hur genomavvikelser i tumören påverkar det funktionella proteomet. Detta framväxande fält kallas för cancerproteogenomik (Branca, Nature Methods 2014; Zhu elt al., Mol. Cell. Prot. 2014; Boekel et al., Nature Biotechnol 2015; Zhu et al., Nature Commun., 2018). Med den här metoden kan vi även upptäcka cancerspecifika proteinvarianter, vilket öppnar upp möjligheten att använda proteogenomik för att upptäcka nya immunterapimål och för att definiera prediktiva biomarkörer för immunterapi. Ett annat fokus för oss är att få kunskap om hur riktade cancerläkemedel påverkar proteomet och hur denna information kan användas för att välja den mest effektiva behandlingen för en enskild patient. För närvarande fokuserar vi på lungcancer (Pernemalm, JPR 2013; Orre, Oncogene 2013; Zhou, Oncogene 2017), bröstcancer (Johansson, Nature Commun 2013; Nature Commun 2019; Johansson, Clinical Proteomics 2015) och leukemi (Yang, Nature Commun 2019). Vår grupp bedriver team science och främjar mångfalt.  Vi bedriver translationell forskning inom ett stort samarbetsnätverk där prekliniska och kliniska forskare i Sverige och över hela världen jobbar tillsammans.

Masspektrometrisk instrumentering

Vi använder de senaste instrumenten för proteomikanalys:

  • Masspektrometri

  • 1 MS Orbitrap Exploris 480, Thermo Scientific.
  • 3 MS Orbitrap HF Q Exactive, Thermo Scientific
  • 1 TimsTOF Pro, Bruker Daltonics Inc
  • 1 TimsTOF HT, Bruker Daltonics Inc
  • 1 TimsTOF SCP, Bruker Daltonics Inc

  • Peptidsepareringsteknologier

  • 1 HiRIEF (High Resolution Isoelectric Focusing)
  • 1 Liquid Chromatography (nanoUPLC/HPLC/FPLC)

  • Provpreparationsteknologier

  • 1 Provberedningsrobot - modified Xantus by LAT
  • 1 Ettan Digester, GE Healthcare Life Science
  • 2 Hamilton Star robot, Hamilton

Core Facilitet

www.bioms.se och https://www.scilifelab.se/facilities/proteogenomics

För de olika facilitetsfunktioner och service(förfrågningar), vänligen besök respektive facilitetshemsida.

Doktorandkurser

Vi anordnar två doktorandkurser varje år under hösten:

"Mass spectrometry based proteomics: When and How" (länk till kursplan) som ges i november. Kursansvarig: Henrik Johansson, (henrik.johansson@ki.se)

"Omics data analysis: From quantitative data to biological information" (länk till kursplan) som ges i november/december. Kursansvarig: Mattias Vesterlund, (mattias.vesterlund@ki.se)

Gruppmedlemmar

Gruppmedlemmar i Janne Lehtiös forskargrupp

Janne Lehtiö, PhD, Professor, Gruppledare
Eduardo Araújo, PhD, Forskningsingenjör
Ghazaleh Assadi, PhD, Laboratoriekoordinator
Luay Aswad, PhD, Postdoc
Haris Babacic, MD, Doktorandstudent
Konstantin Barylyuk, PhD, forskningsingenjör
Olena Berkovska, MSc, Doktorandstudent
Jorrit Boekel, PhD, Vetenskaplig programmerare
Rui Branca, PhD, Senior forskarspecialist
Helena Bäckvall, PhD, Forskningskoordinator
Xiaofang Cao, PhD, Forskningsingenjör
Akram Emdadi, PhD, Postdoc
Jenny Forshed, PhD, Docent
Rozbeh Jafari, PhD, Senior forskarspecialist
Henrik Johansson, PhD, Senior forskarspecialist
Markus Jonsson, PhD, Systemutvecklare
Yaroslav Kaminskiy, Doktorandstudent
Santeri Kiviluoto, PhD, Strategisk koordinator
Isabelle Leo, BSc, Doktorandstudent
Arianna March, Masterstudent
Georgios Mermelekas, PhD, Senior forskningsingenjör
Mahnaz Nikpour, PhD, Forskningsingenjör
Lukas Orre, PhD, Senior forskare, Docent
Yanbo Pan, PhD, Postdoc
Maria Pernemalm, PhD, Senior forskare, Docent
Xue-Kang Qi, Phd, Postdoc
Maan Rachid, PhD, Postdoc/bioinformatiker
Ali Razzak, MSc, Bioinformatiker
AnnSofi Sandberg, PhD, Bioinformatiker
Ioannis Siavelis, MD, PhD, Bioinformatiker
Noora Sissala, Doktorandstudent
David Tamborero, PhD, Senior forskare
Mattias Vesterlund, PhD, Biträdande Lektor
Irene Villanueva Sanz, Doktorandstudent
Mahshid Zarrineh, PhD, Postdoc

Affilierade medlemmar

Filip Mundt, PhD, Forskare
Nidhi Sharma, PhD, Postdoc

Utvalda publikationer

Proteogenomics refines the molecular classification of chronic lymphocytic leukemia.
Herbst SA, Vesterlund M, Helmboldt AJ, Jafari R, Siavelis I, Stahl M, Schitter EC, Liebers N, Brinkmann BJ, Czernilofsky F, Roider T, Bruch PM, Iskar M, Kittai A, Huang Y, Lu J, Richter S, Mermelekas G, Umer HM, Knoll M, Kolb C, Lenze A, Cao X, Österholm C, Wahnschaffe L, Herling C, Scheinost S, Ganzinger M, Mansouri L, Kriegsmann K, Kriegsmann M, Anders S, Zapatka M, Del Poeta G, Zucchetto A, Bomben R, Gattei V, Dreger P, Woyach J, Herling M, Müller-Tidow C, Rosenquist R, Stilgenbauer S, Zenz T, Huber W, Tausch E, Lehtiö J, Dietrich S
Nat Commun 2022 Oct;13(1):6226

SubCellBarCode: integrated workflow for robust spatial proteomics by mass spectrometry.
Arslan T, Pan Y, Mermelekas G, Vesterlund M, Orre LM, Lehtiö J
Nat Protoc 2022 Aug;17(8):1832-1867

Author Correction: The Molecular Tumor Board Portal supports clinical decisions and automated reporting for precision oncology.
Tamborero D, Dienstmann R, Rachid MH, Boekel J, Lopez-Fernandez A, Jonsson M, Razzak A, Braña I, De Petris L, Yachnin J, Baird RD, Loriot Y, Massard C, Martin-Romano P, Opdam F, Schlenk RF, Vernieri C, Masucci M, Villalobos X, Chavarria E, , Balmaña J, Apolone G, Caldas C, Bergh J, Ernberg I, Fröhling S, Garralda E, Karlsson C, Tabernero J, Voest E, Rodon J, Lehtiö J
Nat Cancer 2022 May;3(5):649

Proteogenomics of non-small cell lung cancer reveals molecular subtypes associated with specific therapeutic targets and immune evasion mechanisms.
Lehtiö J, Arslan T, Siavelis I, Pan Y, Socciarelli F, Berkovska O, Umer HM, Mermelekas G, Pirmoradian M, Jönsson M, Brunnström H, Brustugun OT, Purohit KP, Cunningham R, Foroughi Asl H, Isaksson S, Arbajian E, Aine M, Karlsson A, Kotevska M, Gram Hansen C, Drageset Haakensen V, Helland Å, Tamborero D, Johansson HJ, Branca RM, Planck M, Staaf J, Orre LM
Nat Cancer 2021 Nov;2(11):1224-1242

Support systems to guide clinical decision-making in precision oncology: The Cancer Core Europe Molecular Tumor Board Portal.
Tamborero D, Dienstmann R, Rachid MH, Boekel J, Baird R, Braña I, De Petris L, Yachnin J, Massard C, Opdam FL, Schlenk R, Vernieri C, Garralda E, Masucci M, Villalobos X, Chavarria E, , Calvo F, Fröhling S, Eggermont A, Apolone G, Voest EE, Caldas C, Tabernero J, Ernberg I, Rodon J, Lehtiö J
Nat Med 2020 07;26(7):992-994

DEqMS: A Method for Accurate Variance Estimation in Differential Protein Expression Analysis.
Zhu Y, Orre LM, Zhou Tran Y, Mermelekas G, Johansson HJ, Malyutina A, Anders S, Lehtiö J
Mol Cell Proteomics 2020 06;19(6):1047-1057

Breast cancer quantitative proteome and proteogenomic landscape.
Johansson HJ, Socciarelli F, Vacanti NM, Haugen MH, Zhu Y, Siavelis I, Fernandez-Woodbridge A, Aure MR, Sennblad B, Vesterlund M, Branca RM, Orre LM, Huss M, Fredlund E, Beraki E, Garred Ø, Boekel J, Sauer T, Zhao W, Nord S, Höglander EK, Jans DC, Brismar H, Haukaas TH, Bathen TF, Schlichting E, Naume B, , Luders T, Borgen E, Kristensen VN, Russnes HG, Lingjærde OC, Mills GB, Sahlberg KK, Børresen-Dale AL, Lehtiö J
Nat Commun 2019 04;10(1):1600

In-depth human plasma proteome analysis captures tissue proteins and transfer of protein variants across the placenta.
Pernemalm M, Sandberg A, Zhu Y, Boekel J, Tamburro D, Schwenk JM, Björk A, Wahren-Herlenius M, Åmark H, Östenson CG, Westgren M, Lehtiö J
Elife 2019 04;8():

SubCellBarCode: Proteome-wide Mapping of Protein Localization and Relocalization.
Orre LM, Vesterlund M, Pan Y, Arslan T, Zhu Y, Fernandez Woodbridge A, Frings O, Fredlund E, Lehtiö J
Mol Cell 2019 01;73(1):166-182.e7

Discovery of coding regions in the human genome by integrated proteogenomics analysis workflow.
Zhu Y, Orre LM, Johansson HJ, Huss M, Boekel J, Vesterlund M, Fernandez-Woodbridge A, Branca RMM, Lehtiö J
Nat Commun 2018 03;9(1):903

HiRIEF LC-MS enables deep proteome coverage and unbiased proteogenomics.
Branca RM, Orre LM, Johansson HJ, Granholm V, Huss M, Pérez-Bercoff Å, Forshed J, Käll L, Lehtiö J
Nat Methods 2014 Jan;11(1):59-62

Komplett publikationslista (uppdaterad i mars 2023)

Kontakt:

Janne Lehtiö, Professor, Gruppledare, Janne.Lehtio@ki.se

Helena Bäckvall, PhD, Forskningskoordinator, Helena.Backvall@ki.se

Erika Rindsjö
2023-03-01