Janne Lehtiös forskargrupp

Vår forskargrupp arbetar med cancerproteogenomik för ny biologisk kunskap och implementering av precisionsmedicin.

Proteomik är ett samlingsnamn för flera tekniker och metoder för global analys av proteiner i biologiska prover, så som celler och vävnader. Proteiner är livsviktiga för alla levande organismer och är involverade i praktiskt taget alla biologiska funktioner, från att påskynda kemiska reaktioner som enzymer till cellulär signalering samt fungera som hormonella signalmolekyler, tillhandahålla igenkänningsställen för immunsystemet och fungera som byggstenar som är ansvariga för att upprätthålla cellens form och struktur.

Forskargruppen Cancer Proteomik Masspektrometri som leds av professor Janne Lehtiö utvecklar kontinuerligt masspektrometri (MS)-baserade metoder för att förbättra analysen av proteomet. Vi använder omikmetoder för att få detaljerade bilder av den molekylära fenotypen av cancerceller, tumörer och plasma på systemnivå. En grundläggande fråga är hur genomavvikelser i tumören påverkar det funktionella proteomet. Detta framväxande fält kallas för cancerproteogenomik (Branca, Nature Methods 2014; Zhu elt al., Mol. Cell. Prot. 2014; Boekel et al., Nature Biotechnol 2015; Zhu et al., Nature Commun., 2018). Med den här metoden kan vi även upptäcka cancerspecifika proteinvarianter, vilket öppnar upp möjligheten att använda proteogenomik för att upptäcka nya immunterapimål och för att definiera prediktiva biomarkörer för immunterapi. Ett annat fokus för oss är att få kunskap om hur riktade cancerläkemedel påverkar proteomet och hur denna information kan användas för att välja den mest effektiva behandlingen för en enskild patient. För närvarande fokuserar vi på lungcancer (Pernemalm, JPR 2013; Orre, Oncogene 2013; Zhou, Oncogene 2017), bröstcancer (Johansson, Nature Commun 2013; Nature Commun 2019; Johansson, Clinical Proteomics 2015) och leukemi (Yang, Nature Commun 2019). Vår grupp bedriver team science och främjar mångfald.  Vi bedriver translationell forskning inom ett stort samarbetsnätverk där prekliniska och kliniska forskare i Sverige och över hela världen jobbar tillsammans.

Masspektrometrisk instrumentering

Vi använder de senaste instrumenten för proteomikanalys:

  • Masspektrometri

  • 1 MS Orbitrap Exploris 480, Thermo Scientific.
  • 1 TimsTOF Pro, Bruker Daltonics Inc
  • 4 MS Orbitrap HF Q Exactive, Thermo Scientific
  • 1 MS Orbitrap Fusion, Thermo Scientific
  • Peptidsepareringsteknologier

  • HiRIEF (High Resolution Isoelectric Focusing)
  • Liquid Chromatography (nanoUPLC/HPLC/FPLC)
  • Provpreparationsteknologier

  • Provberedningsrobot - modified Xantus by LAT

Core Facilitet

www.bioms.se och https://www.scilifelab.se/facilities/proteogenomics

För de olika facilitetsfunktioner och service(förfrågningar), vänligen besök respektive facilitetshemsida.

Doktorandkurser

Vi anordnar två doktorandkurser varje år under hösten:

"Mass spectrometry based proteomics: When and How" (länk till kursplan) som ges i november. Kursansvarig: Henrik Johansson, henrik.johansson@ki.se

"Omics data analysis: From quantitative data to biological information" (länk till kursplan) som ges i november/december. Kursansvarig: Mattias Vesterlund, mattias.vesterlund@ki.se

Gruppmedlemmar

Gruppmedlemmar i Janne Lehtiös forskargrupp

 

Janne Lehtiö, PhD, Professor, Gruppledare
Eduardo Araújo, PhD, Forskningsingenjör
Taner Arslan, MSc, Doktorandstudent
Ghazaleh Assadi, PhD, Laboratoriekoordinator
Luay Aswad, PhD, Postdoc
Haris Babacic, MD, Doktorandstudent
Olena Berkovska, MSc, Doktorandstudent
Jorrit Boekel, PhD, Vetenskaplig programmerare
Rui Branca, PhD, Senior forskare
Helena Bäckvall, PhD, Forskningskoordinator
Xiaofang Cao, PhD, Forskningsingenjör
Jenny Forshed, PhD, Docent
Sebastian Hanssen, MD
Rozbeh Jafari, PhD, Forskare
Henrik Johansson, PhD, Senior forskare
Markus Jonsson, PhD, Systemutvecklare
Isabelle Leo, BSc, Doktorandstudent
Georgios Mermelekas, PhD, Senior Forskningsingenjör
Lukas Orre, PhD, Senior forskare
Yanbo Pan, PhD, Postdoc
Maria Pernemalm, PhD, Senior forskare
Maan Rachid, PhD, Postdoc/bioinformatiker
Ali Razzak, MSc, Bioinformatiker
AnnSofi Sandberg, PhD, Bioinformatiker
Ioannis Siavelis, MD, MSc, Doktorandstudent
Fabio Sociarelli, MD, Doktorandstudent
David Tamborero, PhD, Forskare/bioinformatiker
Husen Umer, PhD, Postdoc
Mattias Vesterlund, PhD, Biträdande Lektor

Affilierade medlemmar

 

Filip Mundt, PhD, Forskare
Nidhi Sharma, PhD, Postdoc
Frederik Post, MSc studerande
Noora Sissala, MSc studerande
Sebastian Kapell, Bioinformatiker
Mohammad Tanvir Ahamed, Doktorandstudent

Utvalda publikationer

Support systems to guide clinical decision-making in precision oncology: The Cancer Core Europe Molecular Tumor Board Portal.
Tamborero D, Dienstmann R, Rachid MH, Boekel J, Baird R, Braña I, De Petris L, Yachnin J, Massard C, Opdam FL, Schlenk R, Vernieri C, Garralda E, Masucci M, Villalobos X, Chavarria E, , Calvo F, Fröhling S, Eggermont A, Apolone G, Voest EE, Caldas C, Tabernero J, Ernberg I, Rodon J, Lehtiö J
Nat Med 2020 07;26(7):992-994

DEqMS: A Method for Accurate Variance Estimation in Differential Protein Expression Analysis.
Zhu Y, Orre LM, Zhou Tran Y, Mermelekas G, Johansson HJ, Malyutina A, Anders S, Lehtiö J
Mol Cell Proteomics 2020 06;19(6):1047-1057

Breast cancer quantitative proteome and proteogenomic landscape.
Johansson HJ, Socciarelli F, Vacanti NM, Haugen MH, Zhu Y, Siavelis I, Fernandez-Woodbridge A, Aure MR, Sennblad B, Vesterlund M, Branca RM, Orre LM, Huss M, Fredlund E, Beraki E, Garred Ø, Boekel J, Sauer T, Zhao W, Nord S, Höglander EK, Jans DC, Brismar H, Haukaas TH, Bathen TF, Schlichting E, Naume B, , Luders T, Borgen E, Kristensen VN, Russnes HG, Lingjærde OC, Mills GB, Sahlberg KK, Børresen-Dale AL, Lehtiö J
Nat Commun 2019 04;10(1):1600

In-depth human plasma proteome analysis captures tissue proteins and transfer of protein variants across the placenta.
Pernemalm M, Sandberg A, Zhu Y, Boekel J, Tamburro D, Schwenk JM, Björk A, Wahren-Herlenius M, Åmark H, Östenson CG, Westgren M, Lehtiö J
Elife 2019 04;8():

Proteogenomics and Hi-C reveal transcriptional dysregulation in high hyperdiploid childhood acute lymphoblastic leukemia.
Yang M, Vesterlund M, Siavelis I, Moura-Castro LH, Castor A, Fioretos T, Jafari R, Lilljebjörn H, Odom DT, Olsson L, Ravi N, Woodward EL, Harewood L, Lehtiö J, Paulsson K
Nat Commun 2019 04;10(1):1519

SubCellBarCode: Proteome-wide Mapping of Protein Localization and Relocalization.
Orre LM, Vesterlund M, Pan Y, Arslan T, Zhu Y, Fernandez Woodbridge A, Frings O, Fredlund E, Lehtiö J
Mol Cell 2019 01;73(1):166-182.e7

Discovery of coding regions in the human genome by integrated proteogenomics analysis workflow.
Zhu Y, Orre LM, Johansson HJ, Huss M, Boekel J, Vesterlund M, Fernandez-Woodbridge A, Branca RMM, Lehtiö J
Nat Commun 2018 03;9(1):903

Multi-omic data analysis using Galaxy.
Boekel J, Chilton JM, Cooke IR, Horvatovich PL, Jagtap PD, Käll L, Lehtiö J, Lukasse P, Moerland PD, Griffin TJ
Nat Biotechnol 2015 Feb;33(2):137-9

HiRIEF LC-MS enables deep proteome coverage and unbiased proteogenomics.
Branca RM, Orre LM, Johansson HJ, Granholm V, Huss M, Pérez-Bercoff Å, Forshed J, Käll L, Lehtiö J
Nat Methods 2014 Jan;11(1):59-62

Retinoic acid receptor alpha is associated with tamoxifen resistance in breast cancer.
Johansson HJ, Sanchez BC, Mundt F, Forshed J, Kovacs A, Panizza E, Hultin-Rosenberg L, Lundgren B, Martens U, Máthé G, Yakhini Z, Helou K, Krawiec K, Kanter L, Hjerpe A, Stål O, Linderholm BK, Lehtiö J
Nat Commun 2013 ;4():2175

Komplett publikationslista (uppdaterad i maj 2021)

Kontakt:

Janne Lehtiö, professor, gruppledare, Janne.Lehtio@ki.se

Helena Bäckvall, PhD, forskningskoordinator, Helena.Backvall@ki.se