Vår forskning
Proteomik är ett samlingsnamn för flera tekniker och metoder för global analys av proteiner i biologiska prover, så som celler och vävnader. Proteiner är livsviktiga för alla levande organismer och är involverade i praktiskt taget alla biologiska funktioner, från att påskynda kemiska reaktioner som enzymer till cellulär signalering samt fungera som hormonella signalmolekyler, tillhandahålla igenkänningsställen för immunsystemet och fungera som byggstenar som är ansvariga för att upprätthålla cellens form och struktur.
Forskargruppen Cancer Proteomik Masspektrometri som leds av professor Janne Lehtiö utvecklar kontinuerligt masspektrometri (MS)-baserade metoder för att förbättra analysen av proteomet. Vi använder omikmetoder för att få detaljerade bilder av den molekylära fenotypen av cancerceller, tumörer och plasma på systemnivå. En grundläggande fråga är hur genomavvikelser i tumören påverkar det funktionella proteomet. Detta framväxande fält kallas för cancerproteogenomik (Branca, Nature Methods 2014; Zhu elt al., Mol. Cell. Prot. 2014; Boekel et al., Nature Biotechnol 2015; Zhu et al., Nature Commun., 2018). Med den här metoden kan vi även upptäcka cancerspecifika proteinvarianter, vilket öppnar upp möjligheten att använda proteogenomik för att upptäcka nya immunterapimål och för att definiera prediktiva biomarkörer för immunterapi.
Ett annat fokus för oss är att få kunskap om hur riktade cancerläkemedel påverkar proteomet och hur denna information kan användas för att välja den mest effektiva behandlingen för en enskild patient. För närvarande fokuserar vi på lungcancer (Pernemalm, JPR 2013; Orre, Oncogene 2013; Zhou, Oncogene 2017), bröstcancer (Johansson, Nature Commun 2013; Nature Commun 2019; Johansson, Clinical Proteomics 2015) och leukemi (Yang, Nature Commun 2019). Vår grupp bedriver team science och främjar mångfalt. Vi bedriver translationell forskning inom ett stort samarbetsnätverk där prekliniska och kliniska forskare i Sverige och över hela världen jobbar tillsammans.
Masspektrometrisk instrumentering
Vi använder de senaste instrumenten för proteomikanalys:
Masspektrometri
- Two MS Orbitrap Astral, Thermo Scientific
- Two MS Orbitrap HF Q Exactive, Thermo Scientific
- MS timsTOF Pro 2, Bruker
- MS timsTOF HT, Bruker
- MS timsTOF SCP, Bruker
- MS Exploris 480, Thermo Scientific
- Acquity Premier Offline UPLC, Waters
Peptidsepareringsteknologier
- 1 HiRIEF (High Resolution Isoelectric Focusing)
- 1 Liquid Chromatography (nanoUPLC/HPLC/FPLC)
Provpreparationsteknologier
- Biomek i7 (Beckman Coulter) robot för automatiserad provpreparation
- 1 Ettan Digester, GE Healthcare Life Science
Doktorandkurser
Vi anordnar två doktorandkurser varje år under hösten:
"Proteomik med användning av mass spektrometri: När och hur" (länk till kursplan) som ges i november. Kursansvarig: Henrik Johansson, (henrik.johansson@ki.se)
"Analys av omikdata: Från kvantitativ data till biologisk information" (länk till kursplan) som ges i november/december. Kursansvariga: Haris Babačić (haris.babacic@ki.se) och Ioannis Siavelis (ioannis.siavelis@ki.se)