Janne Lehtiös forskargrupp

This page in English

Proteomik för att förbättra behandlingen av cancerpatienter. Proteiner är en viktig grupp av biomolekyler i alla levande organismer och genomför viktiga funktioner såsom cellulär signalering, enzymatiska aktiviteter samt är viktiga för upprätthållandet av cytoskelettet och immunförsvaret.

Proteomet är proteinernas motsvarighet till genomet. Till skillnad från genomet så förändras ständigt det mänskliga proteomet beroende på stimuli från omgivningen. För att förstå mänskliga sjukdomar och för att finna effektiva behandlingar är det viktigt att förstå förändringar i proteomet. Detta kan belysas av det faktum att över 96 % av alla läkemedel påverkar proteiner.

Proteomik är ett forskningsområde som syftar till att studera globala förändringar i proteomet för att förstå proteiners funktioner i ett större biologiskt nätverk/perspektiv. Proteomik är ett samlingsnamn på flera tekniker och metoder för analys av ett proteom. Under de senaste åren har utvecklingen av masspektrometri (MS) baserade metoder för att studera proteomet varit enastående.

I vår forskargrupp utvecklar vi och använder MS-baserade proteomikmetoder för att förbättra personlig cancerterapi och för att förstå förändringar på proteinnivå i samband med sjukdomar. Ett stort antal nya läkemedelssubstanser för målinriktad cancerbehandling håller på att tas fram och introduceras på marknaden. Samtidigt är det idag många lovande läkemedel som inte används till sin fulla potential på grund av bristen på information om när och till vem läkemedlet ska ges. Därför måste vi ha markörer för att möjliggöra ett effektivt urval av läkemedel för varje patient. Vi strävar efter att använda proteominformationen för att utveckla prediktiva analysverktyg och nya molekylära markörer för att välja ut den mest effektiva behandlingen för varje enskild cancerpatient.

Vi är för närvarande bland annat engagerade i ett metodutvecklingsprojekt för att förbättra vävnads- och plasmaproteomik, exempelvis med hjälp av isoelektrisk fokusering av peptider som en pre-fraktioneringsmetod. Vi arbetar också med att förbättra analysen av posttranslationella modifieringar, analysera subcellulär relokalisering och att med så kallad riktad proteomik öka känsligheten och genomströmningen vid klinisk validering av proteomikdata. Ett korrekt fastställande av proteinnivåskillnader är beroende av hur analysmetoderna utvecklas för att förbättra kvantifieringen av proteiner. Denna typ av metodutveckling är något vi jobbar mycket med i vår grupp. Förutom att förbättra kliniska proteomikmetoder inriktar vi oss på forskning av behandlingsrelaterade proteomförändringar i endokrina tumörer samt bröst- och lungcancer.

Masspektrometrisk instrumentering

Vi använder de senaste instrumenten för proteinanalys:

  • MS LTQ Orbitrap Velos Pro, Thermo Scientific
  • MS Orbitrap Q Exactive, Thermo Scientific
  • High resolution Q-TOF 6540, Agilent
  • LC-Triple Q-MS 6410, Agilent
  • LC-Triple Q-MS 6490, with iFUNNEL system, Agilent

I samarbete med Pär Nordlunds, David Lanes, Sonia Lains and Mathias Uhlens grupper, har vi också följande instrument:

  • MS Orbitrap Fusion
  • 2x MS Q Exactive HF
  • MS MS Orbitrap Q Exactive

Lehtiös forskargrupp är en del av Science for Life Laboratory, Stockholm (www.scilifelab.se). 

Doktorandkurser

Vi anordnar två doktorandkurser varje år under hösten:

"Mass spectrometry based proteomics: When and How" (länk till kursplan) som går i oktober varje år. Kursansvarig: Jürgen Eirich

"Omics data analysis: From quantitative data to biological information" (länk till kursplan) som går i november varje år. Kursansvarig: Lukas Orre

Gruppmedlemmar

Janne Lehtiö, PhD, Professor, Group Leader
Hillevi Andersson-Sand, MSc, Research Engineer
Taner Arslan, MSc, PhD Student
Ghazaleh Assadi, PhD, Research Engineer
Jorrit Boekel, PhD, Scientific programmer
Rui Branca, PhD, Senior scientist
Helena Bäckvall, PhD, Research coordinator
Xiaofang Cao, PhD, Research Engineer
Jürgen Eirich, PhD, Postdoc
Jenny Forshed, PhD, Associate Professor
Rozbeh Jafari, PhD, Postdoc
Henrik Johansson, PhD, Senior Scientist
Elena Kunold, PhD, Postdoc
Georgios Mermelekas, PhD, Research Engineer
Lukas Orre, PhD, Senior scientist
Yanbo Pan, PhD, Postdoc
Maria Pernemalm, PhD, Assistant Professor
Maan Rachid, PhD, Postdoc/bioinformatician
AnnSofi Sandberg, PhD, Postdoc
John Siavelis, MD, MSc, PhD student
Fabio Socciarelli, MD, PhD student
Matthias Stahl, PhD, Postdoc
David Tamborero, PhD, Scientist/bioinformatician
Lingjie Tao, MSc, Research Engineer
Husen Umer, PhD, Postdoc
Nathaniel Vacanti, PhD, Postdoc
Mattias Vesterlund, PhD, Postdoc
Yan Zhou Tran, MSc, PhD-student
Yafeng Zhu, MSc, PhD-student

Anknuten till forskargruppen

Filip Mundt, PhD

Utvalda publikationer

Discovery of coding regions in the human genome by integrated proteogenomics analysis workflow.
Zhu Y, Orre L, Johansson H, Huss M, Boekel J, Vesterlund M, et al
Nat Commun 2018 03;9(1):903

Proteogenomics produces comprehensive and highly accurate protein-coding gene annotation in a complete genome assembly of Malassezia sympodialis.
Zhu Y, Engström P, Tellgren-Roth C, Baudo C, Kennell J, Sun S, et al
Nucleic Acids Res. 2017 03;45(5):2629-2643

28674419

Multi-omic data analysis using Galaxy.
Boekel J, Chilton J, Cooke I, Horvatovich P, Jagtap P, Käll L, et al
Nat. Biotechnol. 2015 Feb;33(2):137-9

SpliceVista, a tool for splice variant identification and visualization in shotgun proteomics data.
Zhu Y, Hultin-Rosenberg L, Forshed J, Branca R, Orre L, Lehtiö J
Mol. Cell Proteomics 2014 Jun;13(6):1552-62

24240322

23902561

23868472

Komplett publikationslista (uppdaterad i juni 2018)

 

Kontakt:

Janne Lehtiö, professor, gruppledare, Janne.Lehtiö@ki.se

Helena Bäckvall, PhD, forskningskoordinator, Helena.Backvall@ki.se

Proteomik