Lukas Orre

Lungcancer och skräddarsydd cancerterapi
Lungcancer är den ledande orsaken till cancerrelaterad död i världen och
den genomsnittliga 5-års överlevnaden för lungcancerpatienter är endast
15%. Intensiv forskning har lett till utvecklingen av så kallade
målsökande cancerläkemedel. Dessa läkemedel har stor potential för att
bota eller förbättra överlevnaden hos lungcancerpatienter. Målsökande
läkemedel har inte effekt på alla lungtumörer, och i många fall leder en
initial effekt till resistensutveckling och tumöråterväxt. För att
utnyttja dessa läkemedels fulla potential behövs kunskap om vilka patienter
som har nytta av behandlingen och hur dessa läkemedel kan kombineras.
Min Forskning
Forskningen jag bedriver går ut på att studera i detalj hur tumörceller
reagerar på behandling med målsökande cancerläkemedel. Till vår hjälp
har vi avancerade analysmetoder som kan mäta tusentals geners aktivitet och
resulterande proteinnivåer med stor noggrannhet. Genom dessa analyser kan vi
bilda oss en uppfattning om vilka tumörceller som kan behandlas med
målsökande cancerläkemedel och även hur tumörcellerna utvecklar
resistens mot läkemedlen. Denna kunskap kan vi sedan använda för att
föreslå och pröva olika kombinationer av målsökande läkemedel.
Det huvudsakliga målet med min forskning är att förbättra överlevnaden
hos lungcancerpatienter. Detta mål vill jag uppnå genom att förbättra
användningen av målsökande läkemedel på två olika sätt. Först vill
jag förbättra möjligheten att förutspå vilka patienter som har nytta av
en viss typ av målsökande läkemedel, och därigenom se till att varje
lungcancerpatient får rätt behandling direkt. Sedan vill jag hitta nya
sätt att kombinera läkemedel för att förhindra resistensutveckling och
därigenom öka chansen att bota patienterna.

Utvalda Publikationer:

Brunner A, Li Q, Fisicaro S, Kourtesakis A, Viiliäinen J, Johansson HJ, Pandey V,

Mayank AK, Lehtiö J, Wohlschlegel JA, Spruck C, Rantala JK,  Orre LM, Sangfelt O.

FBXL12 degrades FANCD2 to regulate replication recovery and promote cancer cell

survival under conditions of replication stress. Molecular Cell. 2023 Oct 19;

83(20):3720-3739.e8. PMID: 37591242

Taner Arslan, Yanbo Pan, Georgios Mermelekas, Mattias Vesterlund, Lukas M. Orre

and Janne Lehtiö. SubCellBarCode: integrated workflow for robust spatial proteomics

by mass spectrometry. Nature Protocols. 2022 Aug;17(8):1832-1867. PMID: 35732783

Janne Lehtiö, Taner Arslan, Ioannis Siavelis, Yanbo Pan, Fabio Socciarelli,
Olena Berkovska, Husen M. Umer, Georgios Mermelekas, Mohammad Pirmoradian,
Mats Jönsson, Hans Brunnström, Odd Terje Brustugun, Krishna Pinganksha
Purohit, Richard Cunningham, Hassan Foroughi Asl, Sofi Isaksson, Elsa
Arbajian, Mattias Aine, Anna Karlsson, Marija Kotevska, Carsten Gram Hansen,
Vilde Drageset Haakensen, Åslaug Helland, David Tamborero, Henrik J.
Johansson, Rui M. Branca, Maria Planck, Johan Staaf, and Lukas M. Orre. 
Proteogenomics of non-small cell lung cancer reveals molecular subtypes
associated with specific therapeutic targets and immune evasion mechanisms. 
Nature Cancer. 2021 Nov 22 (2), 1224–1242. PMID: 34870237

Zhou Tran Y, Minozada R, Cao X, Johansson HJ, Branca RM, Seashore-Ludlow B 
and Orre LM. Immediate Adaptation Analysis Implicates BCL6 as an EGFR-TKI 
Combination Therapy Target in NSCLC. Mol Cell Proteomics. 2020
Jun;19(6):928-943. PMID: 32234966

Fotouhi O, Kjellin H, Juhlin CC, Pan Y, Vesterlund M, Ghaderi M, Yousef A,  
Andersson-Sand H, Kharaziha P, Caramuta S, Kjellman M, Zedenius J, Larsson C
and Orre LM. Proteomics identifies neddylation as a potential therapy 
target in small intestinal neuroendocrine tumors. Oncogene. 2019 
Oct;38(43):6881-6897. PMID: 31406256

Johansson HJ, Socciarelli F, Vacanti NM, Haugen MH, Zhu Y, Siavelis I,  
Fernandez-Woodbridge A, Aure MR, Sennblad B, Vesterlund M, Branca RM, Orre 
LM, Huss M, Fredlund E, Beraki E, Garred Ø, Boekel J, Sauer T, Zhao W, Nord 
S, Höglander EK, Jans DC, Brismar H, Haukaas TH, Bathen TF, Schlichting E,
Naume B; Consortia Oslo Breast Cancer Research Consortium (OSBREAC), Luders
T, Borgen E, Kristensen VN, Russnes HG, Lingjærde OC, Mills GB, Sahlberg KK,
Børresen-Dale AL, Lehtiö J. Breast cancer quantitative proteome and
proteogenomic landscape. Nature Communications. 2019 Apr 8;10(1):1600.
PMID: 30962452

Orre LM, Vesterlund M, Pan Y, Arslan T, Zhu Y, Fernandez Woodbridge A,  
Frings O, Fredlund E, Lehtiö J. SubCellBarCode: Proteome-wide Mapping of
Protein Localization and Relocalization. Molecular Cell. 2019 Jan
3;73(1):166-182.e7. PMID: 30609389

Wei B, Jolma A, Sahu B, Orre LM, Zhong F, Zhu F, Kivioja T, Sur I, Lehtiö 
J, Taipale M, Taipale J. A protein activity assay to measure global
transcription factor activity reveals determinants of chromatin
accessibility. Nature Biotechnology. 2018 Jul;36(6):521-529. PMID: 29786094

Zhu Y, Orre LM, Johansson HJ, Huss M, Boekel J, Vesterlund M,  
Fernandez-Woodbridge A, Branca RMM, Lehtiö J. Discovery of coding regions in
the human genome by integrated proteogenomics analysis workflow. Nature
Communications. 2018 Mar 2;9(1):903. PMID: 29500430

Zhou Y, Frings O, Branca RM, Boekel J, le Sage C, Fredlund E, Agami R and 
Orre LM. microRNAs with AAGUGC seed motif constitute an integral part of an 
oncogenic signaling network. Oncogene. 2017 Feb 9;36(6):731-745. PMID: 
27477696

Branca RM, Orre LM, Johansson HJ, Granholm V, Huss M, Pérez-Bercoff Å,  
Forshed J, Käll L, Lehtiö J. HiRIEF LC-MS enables deep proteome coverage
and unbiased proteogenomics. Nature Methods. 2014 Jan; 11 (1): 59-62. PMID: 
24240322