Cancerproteogenomik och precisionsmedicin vid akut lymfatisk leukemi (ALL) – Rozbeh Jafaris team

Forskningen kartlägger molekylära profiler vid akut lymfatisk leukemi (ALL) med avancerade omics-metoder för att identifiera målspecifika behandlingar. Genom proteogenomik och termisk proteomik studeras hur genförändringar påverkar proteomet och läkemedelskänslighet, med målet att förbättra terapier och klinisk tillämpning.

Vår forskning

Vi forskar om akut lymfatisk leukemi (ALL) hos barn och vuxna. Genom att undersöka cancercellernas gener och proteiner vill vi hitta nya möjligheter till mer träffsäker behandling, anpassad efter sjukdomens molekylära egenskaper. Vi bygger vidare på våra tidigare studier och testar lovande fynd, med målet att de på sikt ska kunna användas i vården för att bättre dela in patienter i grupper och ge en mer skräddarsydd behandling.

En central fråga är hur förändringar i cancercellernas arvsmassa påverkar deras proteiner och hur dessa fungerar. För att undersöka detta kombinerar vi analyser av arvsmassan med detaljerade studier av proteinerna, ett forskningsområde som kallas cancerproteogenomik. Vi mäter inte bara hur mycket som finns av olika proteiner, utan undersöker också deras biofysiska tillstånd med hjälp av termisk proteomik. 

En och samma gen kan ge upphov till flera olika molekylära former av ett protein, så kallade proteoformer, som kan ha olika funktion och betydelse för sjukdomen. Genom att studera proteiner med högre upplösning än enbart på gen- eller totalproteinnivå kan vi identifiera proteoformer och proteintillstånd som bättre förklarar biologiska skillnader mellan leukemier och deras känslighet eller resistens mot läkemedel.

Vi undersöker också vilka proteiner som är avsedda målproteiner och vilka som utgör oavsiktliga mål (off-targets) för befintliga och nya målriktade läkemedel. Med flera kompletterande kemisk-proteomiska metoder studerar vi hur läkemedlen verkar och vilka potentiella biverkningsmekanismer och skadliga effekter de kan ha. Detta kan även bidra till att identifiera biomarkörer som förutsäger vilka patienter som kan ha nytta av en viss behandling.

Genom att kombinera dessa analyser med funktionella läkemedelsstudier samt studier av celler och molekyler vill vi omsätta våra forskningsresultat i kliniska tillämpningar som kan förbättra behandlingen för patienterna.

Schematisk illustration av multiomik analys av akut lymfatisk leukemi.
Functional Omics Resource of acute lymphoblastic leukemia (FORALL). En integrativ metod som kombinerar genomiska, transkriptomiska, epigenomiska och proteomiska data med läkemedelskänslighetsprofiler används för att identifiera molekylära subtyper och potentiella mål för precisionsbehandling. Foto: N/A

Publikationer

Utvalda publikationer

Finansiering

Forskningsbidrag

  • Multi-omic studier för precisionsbehandlingar av akut lymfatisk leukemi
    Cancerfonden: Senior Investigator Award
    1 juli 2024 - 30 juni 2027
  • Integrative multi-omics for mechanistic insights into acute lymphoblastic leukemia for precision therapies
    Cancerfonden
    1 januari 2024 - 31 december 2026
  • Swedish Cancer Society
    1 januari 2024
    Leukemia is a form of cancer that arises from the bone marrow and blood. They are the most common type of cancer in children, but most cases of leukemia occur in adults, where the prognosis worsens with increasing age. Although some patients recover with standard treatment, there is a need for new therapeutic markers and individualized drugs that can help those patients who do not respond to treatment, as well as for patients who develop resistance and relapse after initial successful treatment. Although the understanding of basic biological processes in cancer has increased significantly, these advances do not reflect the clinical picture. ALL is a heterogeneous disease where genetic studies have traditionally only been used to explore its biology. This has played a significant role in the classification of the disease, but unfortunately has not led to more individualized treatments. A major reason for this limitation is that genetic studies cannot depict the true phenotypic environment of the cells. The cellular environment of the cancer cells is better depicted by proteins because they constitute the final phenotype. By now combining mass spectrometry-based proteomics in combination with pioneering thermal proteomics and drug screening, we want to redefine the biology of ALL. One of the goals is to use a new, unique perspective to generate new knowledge that creates a better understanding of the disease mechanisms in ALL in adults. The ultimate goal is to identify new unique markers for better risk stratification as well as promote the development of more effective individually tailored drugs with fewer side effects for a more successful fight against the disease.
  • KI Research Foundation Grants 2024-2025
    1 januari 2024 - 31 december 2025
  • Barncancerfonden
    1 januari 2022 - 31 december 2022
  • National Natural Science Foundation of China
    1 januari 2019 - 31 december 2022
  • National Natural Science Foundation of China
    1 januari 2019 - 31 december 2022
  • National Natural Science Foundation of China
    1 januari 2018 - 31 december 2020
  • Banbrytande proteomikmetod möjliggör unika behandlings och resistensmarkörer för leukemi hos barn
    Barncancerfonden
    1 januari 2017 - 31 december 2019
  • National Natural Science Foundation of China
    1 januari 2017 - 31 december 2020
  • Banbrytande proteomikmetod möjliggör unika behandlings- och resistensmarkörer för leukemi hos barn
    Barncancerfonden
    1 september 2016 - 31 augusti 2021