Venkatesh Chellappa
Bioinformatiker | Doktorand
Bioinformatiker och doktorand vid Karolinska Institutet med över 15 års erfarenhet. Jag är specialiserad på HPC-infrastruktur, DevOps-pipeliner (Nextflow/Snakemake) och containerlösningar (Docker/Appt
E-postadress: venkatesh.chellappa@ki.se
Besöksadress: Nobels väg 12a, 17165 Solna
Postadress: C8 Medicinsk epidemiologi och biostatistik, C8 MEB Grönberg Lindberg, 171 77 Stockholm
Om mig
Jag är bioinformatiker och doktorand i forskargruppen för prostatacancergenomik vid Institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik (MEB) på Karolinska Institutet. Min doktorsavhandling handlar om cancergenomik.
Forskningsbeskrivning
Mitt arbete fokuserar på att utveckla skalbara beräkningspipeliner (Snakemake, Nextflow) för att analysera sekvenseringsdata med högt genomflöde inom cancergenomik och transkriptomik. Jag är särskilt intresserad av att använda maskininlärning och AI för att integrera multiomikdata.
Artiklar
- Article: JOURNAL OF MOLECULAR DIAGNOSTICS. 2026;28(2):187-198Wallander K; Lin Y; Ivanchuk V; Difilippo V; Chellappa V; Murugan SK; Ofverholm I; Branstrom R; Nord KH; Carlson J; De Flon FH
- Article: NEW ENGLAND JOURNAL OF MEDICINE. 2025;393(11):1051-1064Martling A; Hed Myrberg I; Nilbert M; Gronberg H; Granath F; Eklund M; Oresland T; Iversen LH; Haapamaki C; Janson M; Westberg K; Segelman J; Ersson U; Prytz M; Angenete E; Bergstrom R; Mayrhofer M; Glimelius B; Lindberg J
- Article: CANCERS. 2024;16(22):3816Ofverholm I; Lin Y; Mondini J; Hardingz J; Braenstroem R; Tsagkozis P; Wirta V; Gellerbring A; Lindberg J; Chellappa V; Mayrhofer M; Haglund C; Haglund de Flon F; Wallander K
- Article: NATURE MEDICINE. 2024;30(11):3291-3302De Laere B; Crippa A; Discacciati A; Larsson B; Persson M; Johansson S; D'hondt S; Bergstrom R; Chellappa V; Mayrhofer M; Banijamali M; Kotsalaynen A; Schelstraete C; Vanwelkenhuyzen JP; Hjalm-Eriksson M; Pettersson L; Ullen A; Lumen N; Enblad G; Thellenberg Karlsson C; Janes E; Sandzen J; Schatteman P; Vigmostad M; Olsson M; Ghysel C; Sautois B; De Roock W; Van Bruwaene S; Anden M; Verbiene I; De Maeseneer D; Everaert E; Darras J; Aksnessether BY; Luyten D; Strijbos M; Mortezavi A; Oldenburg J; Ost P; Eklund M; Gronberg H; Lindberg J
- Article: CLINICAL CANCER RESEARCH. 2024;30(12):2647-2658Ofverholm I; Wallander K; Haglund C; Chellappa V; Wejde J; Gellerbring A; Wirta V; Renevey A; Caceres E; Tsagkozis P; Mayrhofer M; Papakonstantinou A; Linder-Stragliotto C; Branstrom R; Larsson O; Lindberg J; Lin Y; de Flon FH
- Article: EUROPEAN UROLOGY FOCUS. 2023;9(3):455-462Palsdottir T; Gronberg H; Hilmisson A; Eklund M; Nordstrom T; Vigneswaran HT
- Journal article: ESMO OPEN. 2023;8(1):101095Wallander KM; Öfverholm I; Yingbo L; Haglund C; Chellappa V; Tsagkozis P; Hesla A; Papakonstantinou A; Bränström R; Wirta V; Lindberg J; de Flon FH
- Article: JOURNAL OF HUMAN GENETICS. 2023;68(1):39-46Janani DM; Ramasubramanyan S; Chellappa V; Santhanam R; Manickam R; Shameli J; Balasundaram U
- Article: EUROPEAN UROLOGY OPEN SCIENCE. 2022;41:1-7Engel JC; Palsdottir T; Ankerst D; Remmers S; Mortezavi A; Chellappa V; Egevad L; Gronberg H; Eklund M; Nordstrom T
- Article: PROSTATE. 2022;82(5):576-583Lindh C; Samaratunga H; Delahunt B; Bergstrom R; Chellappa V; Yaxley J; Lindberg J; Egevad L
- Article: FRONTIERS IN GENETICS. 2022;13:820493Deng W; Murugan S; Lindberg J; Chellappa V; Shen X; Pawitan Y; Vu TN
- Journal article: EUROPEAN UROLOGY OPEN SCIENCE. 2021;33:s216-s217Engel JC; Palsdottir T; Ankerst D; Remmers S; Mortezavi A; Chellappa V; Egevad L; Grönberg H; Eklund M; Nordström T
- Article: EUROPEAN UROLOGY FOCUS. 2021;7(3):546-553Mortezavi A; Palsdottir T; Eklund M; Chellappa V; Murugan SK; Saba K; Ankerst DP; Haug ES; Nordstrom T; Tilki D
Alla övriga publikationer
- Conference publication: EUROPEAN JOURNAL OF HUMAN GENETICS. 2025;33:1161-1162Lyander A; Kyriakidis V; Chellappa V; Bergstrom R; Hagglund M; Lindberg J
- Corrigendum: NATURE MEDICINE. 2024;30(11):3381De Laere B; Crippa A; Discacciati A; Larsson B; Persson M; Johansson S; D'hondt S; Bergstrom R; Chellappa V; Mayrhofer M; Banijamali M; Kotsalaynen A; Schelstraete C; Vanwelkenhuyzen JP; Hjaelm-Eriksson M; Pettersson L; Ullen A; Lumen N; Enblad G; Karlsson CT; Jaenes E; Sandzen J; Schatteman P; Vigmostad MN; Olsson M; Ghysel C; Sautois B; De Roock W; Van Bruwaene S; Anden M; Verbiene I; De Maeseneer D; Everaert E; Darras J; Aksnessether BY; Luyten D; Strijbos M; Mortezavi A; Oldenburg J; Ost P; Eklund M; Gronberg H; Lindberg J
- Preprint: MEDRXIV. 2024Mayrhofer M; Bergström R; Chellappa V; Kotsalaynen A; Murugan S; Crippa A; De Laere B; Urtishak K; Sorensen KD; Garg K; Singh U; Eklund M; Grönberg H; Lindberg J
Anställningar
- Bioinformatiker, Medicinsk epidemiologi och biostatistik, Karolinska Institutet, 2018-
- Doktorand, Medicinsk epidemiologi och biostatistik, Karolinska Institutet, 2021-2027
Examina och utbildning
- Bachelor of Veterinary Sciences & Animal Husbandry, Veterinärprogrammet, Epidemiological Report of Trypanosomosis in Captive Wild Animals of India, Pondicherry Veterinary College, Pondicherry University, 2006