Text mining för cancerforskning och riskbedömning

This page in English

CRAB-projektet utvecklar en ny metod för cancerriskbedömning som kan stödja riskbedömare och forskare i hanteringen av stora mängder textdata. Denna metod är baserad på text mining - ett område inom datavetenskapen som upptäcker ny kunskap genom att automatiskt extrahera information från skriven text. Vi utvecklar text mining-teknik för cancerriskbedömning och cancerforskning och integrerar tekniken i ett verktyg som kan bidra till en effektiv hantering av information kring cancer och cancerrisker. Metoden kan även användas till att upptäcka ”ny” kunskap i stora mängder text.


I detta projekt samarbetar vi med Computer Laboratory, University of Cambridge, Storbritannien.

Länk till CRAB-projektet 

Kontaktpersoner

Prefekt

Ulla Stenius

Telefon: 08-524 878 72
Enhet: Biokemisk toxikologi
E-post: Ulla.Stenius@ki.se

Finansiärer

  • Vetenskapsrådet
  • Vinnova
  • Medical Research Council, UK
  • Royal Society, UK
  • Biotechnology and Biological Sciences Research Council, UK
  • Biological Sciences Research Council, UK

Publikationer

Active learning-based information structure analysis of full scientific articles and two applications for biomedical literature review.
Guo Y, Silins I, Stenius U, Korhonen A
Bioinformatics 2013 Jun;29(11):1440-7

Text mining for literature review and knowledge discovery in cancer risk assessment and research.
Korhonen A, Séaghdha D, Silins I, Sun L, Högberg J, Stenius U
PLoS ONE 2012 ;7(4):e33427

Data and literature gathering in chemical cancer risk assessment.
Silins I, Korhonen A, Högberg J, Stenius U
Integr Environ Assess Manag 2012 Jul;8(3):412-7

Weakly supervised learning of information structure of scientific abstracts--is it accurate enough to benefit real-world tasks in biomedicine?
Guo Y, Korhonen A, Silins I, Stenius U
Bioinformatics 2011 Nov;27(22):3179-85

A comparison and user-based evaluation of models of textual information structure in the context of cancer risk assessment.
Guo Y, Korhonen A, Liakata M, Silins I, Hogberg J, Stenius U
BMC Bioinformatics 2011 Mar;12():69

Identifying the information structure of scientific abstracts: An investigation of three different schemes.
Guo Y, Sun L, Korhonen A, Liakata M, Silins I, Sun L and Stenius U (2010).
In Proceedings of Bio-Natural Language Processing (BioNLP) Uppsala, Sweden.

The first step in the development of Text Mining technology for Cancer Risk Assessment: identifying and organizing scientific evidence in risk assessment literature.
Korhonen A, Silins I, Sun L, Stenius U
BMC Bioinformatics 2009 Sep;10():303

User-Driven Development of Text Mining Resources for Cancer Risk Assessment.
Sun L, Korhonen A, Silins I, and Stenius U. (2009).
In Proceedings of the Natural Language Processing in Biomedicine (BioNLP) 2009. Boulder, Colorado.

A New Challenge for Text Mining: Cancer Risk Assessment.
Lewin I, Silins I, Korhonen A, Hogberg J and Stenius U. (2008).
In Proceedings of the ISMB BioLINK Special Interest Group on Text Data Mining. Toronto, Canada.