Skip to main content

Text mining för cancerforskning och riskbedömning

CRAB, CHAT och LION-projekten utvecklar datorbaserad metodik för cancerforskning och cancerriskbedömning. Projekten är ett samarbete med Language Technology Lab at University of Cambridge (UK) och ger nya verktyg som stödjer riskbedömare och forskare i hanteringen av stora mängder text. Verktygen använder text-mining-teknik och ”literature-based discovery”, områden inom datavetenskapen som kan upptäcka ”dold” kunskap genom att automatiskt extrahera information från den skrivna texten i miljontals artiklar. Vi utvecklar och integrerar teknikerna i de tre verktygen CRAB, CHAT och LION. De ska bidra till effektiv hantering av information om cancer och cancerrisker. LION kan också upptäcka ”nya” samband i stora mängder artiklar och ge forskningshypoteser. LION-projektet är ett samarbete med Language Technology Lab at University of Cambridge (UK) och the Cancer Research UK Cambridge Institute, Narita Group (UK).

Länkar till projekten:

  • CRAB – Analyserar och klassificerar litteratur för cancerrisk-bedömning
  • CHAT – Klassificerar litteratur enligt ”hallmarks of cancer”-konceptet
  • LION-LBD – “literature based- discovery” tool för generering av nya hypoteser inom cancerbiologi

Kontaktperson

Prefekt

Ulla Stenius

Telefon: 08-524 878 72
Enhet: Biokemisk toxikologi
E-post: Ulla.Stenius@ki.se

Finansiärer

  • Research Councils, UK

Publikationer

30304355

AI system accelerates search for cancer discoveries.
Technology Networks, November 28, 2018.

29036271

28257498

26562772

26454282

25002848

23564844

22511921

22275076

21949269

21385430

Identifying the information structure of scientific abstracts: An investigation of three different schemes.
Guo Y, Sun L, Korhonen A, Liakata M, Silins I, Sun L and Stenius U (2010).
In Proceedings of Bio-Natural Language Processing (BioNLP) Uppsala, Sweden.

19772619

User-Driven Development of Text Mining Resources for Cancer Risk Assessment.
Sun L, Korhonen A, Silins I, and Stenius U. (2009).
In Proceedings of the Natural Language Processing in Biomedicine (BioNLP) 2009. Boulder, Colorado.

A New Challenge for Text Mining: Cancer Risk Assessment.
Lewin I, Silins I, Korhonen A, Hogberg J and Stenius U. (2008).
In Proceedings of the ISMB BioLINK Special Interest Group on Text Data Mining. Toronto, Canada.