SICOF

Single Cell Core faciliteten i Flemingsberg campus (SICOF) erbjuder service för singel-cellsekvensering, för forskare både inom och utanför Karolinska Institutet.

Service

Vid SICOF utför vi tekniker så som småskaliga och ultrakänsliga Smart-seq2 och Smart-seq3. Vi arbetar också med 10x Genomics, droppbaserad sekvensering i större skala. Vi kan därmed ge support för alla 10x Genomics produkter, inklusive single nuclei ATAC-seq och den nyligen släppta Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression-analys.

De metoder vi använder fungerar också för andra skräddarsydda försök, så som cellbaserad läkemedelsscreening (Drug-seq) och RNA bulksekvensering (Bulk-seq). Vi planerar också att utöka vår service med singel-cell DNA- och RNA-sekvensering i form av DNTR-Seq och ATAC-Seq.

Boka vår service

För att boka vår service vid SICOF, krävs inloggning via iLab.

Instrument

Vårt laboratorium är utrustat med dispensrar såsom Agilent Bravo, Integra Viaflo 384 och Beckman Echo 525. För kvalitetskontroll använder vi Bioanalyzer och Fragment Analyzer (båda från Agilent) och Qubit (Invitrogen).

Samarbeten

Vi har ett nära samarbete med Karolinska Institutet:s serviceenheter på:

Verksamheten startades år 2016 som en intern servicefunktion vid Integrated Cardio Metabolic Center (ICMC) på KI. SICOF bildades sedan år 2021.

För mer information om SICOF, hänvisar vi till vår engelska sida.

Fotografi på sex människor som står bredvid varandra.
SICOF teamet rån vänster: Michael Vanlandewijck, Head of facility, Elisabeth Raschperger, Administrator, Jianping Liu, Research engineer, Byambajav Buyandelger, Research engineer, Sonja Gustafsson, Research engineer, Giuseppe Mocci, Bioinformatician. Photo: Stefan Zimmerman Foto: Stefan Zimmerman

Kontakt

Teamet vid SICOF består av verksamhetschef, administratör, bioinformatiker och tre forskningsingenjörer. Vårt mål är att förse forskaren med clusterdata som kan analyseras utan hjälp av bioinformatiker.

Profile image

Michael Vanlandewijck

Verksamhetschef, SICOF
MV
Innehållsgranskare:
Amalia Kewenter
2022-11-18