SICOF
Single Cell Core faciliteten i Flemingsberg campus (SICOF) erbjuder service för singel-cellsekvensering, för forskare både inom och utanför Karolinska Institutet.
Service
Vid SICOF utför vi tekniker så som småskaliga och ultrakänsliga Smart-seq2 och Smart-seq3. Vi arbetar också med 10x Genomics, droppbaserad sekvensering i större skala. Vi kan därmed ge support för alla 10x Genomics produkter, inklusive single nuclei ATAC-seq och den nyligen släppta Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression-analys.
De metoder vi använder fungerar också för andra skräddarsydda försök, så som cellbaserad läkemedelsscreening (Drug-seq) och RNA bulksekvensering (Bulk-seq). Vi planerar också att utöka vår service med singel-cell DNA- och RNA-sekvensering i form av DNTR-Seq och ATAC-Seq.
Boka vår service
För att boka vår service vid SICOF, krävs inloggning via iLab.
Instrument
Vårt laboratorium är utrustat med dispensrar såsom Agilent Bravo, Integra Viaflo 384 och Beckman Echo 525. För kvalitetskontroll använder vi Bioanalyzer och Fragment Analyzer (båda från Agilent) och Qubit (Invitrogen).
Samarbeten
Vi har ett nära samarbete med Karolinska Institutet:s serviceenheter på:
- MedH Flow Cytometry Core Facility (FACS) för singel-cellsortering.
- Bioinformatics and Expression Analysis core facility (BEA), för sekvensering.
Verksamheten startades år 2016 som en intern servicefunktion vid Integrated Cardio Metabolic Center (ICMC) på KI. SICOF bildades sedan år 2021.
För mer information om SICOF, hänvisar vi till vår engelska sida.
Kontakt
Teamet vid SICOF består av verksamhetschef, administratör, bioinformatiker och tre forskningsingenjörer. Vårt mål är att förse forskaren med clusterdata som kan analyseras utan hjälp av bioinformatiker.