Multi-omics analyser vid cancer

Genetiska förändringar ligger bakom alla cancerformer. I de flesta fall är dessa förändringar somatiska och ger upphov till sporadisk cancer. I 10% av fallen är förändringarna medfödda och orsakar ärftlig cancer. Individer som bär på en predisponerande genetisk variant har en ökad risk för att få cancer (och ibland andra symptom) och gynnas av förebyggande åtgärder. Tyvärr saknas kunskap om de underliggande sjukdomsassocierade generna samt belägg vad gäller cancerrisk och behov av monitorering, eftersom de flesta ärftliga cancerformer är ovanliga.

När tumörceller dör släpper de ut sitt DNA i kroppsvätskor såsom blod, vilket ger en möjlighet att detektera deras genetiska förändringar i ett blodprov (så kallad flytande biopsi). Dessa cellfria tumör-DNA-fragment (ctDNA) utgör en liten bråkdel av blodets alla cellfria DNA-fragment, mestadels utsöndrade av blodceller och det krävs därför mycket känsliga metoder för att detektera dem. ctDNA har potential att revolutionera cancerdiagnostiken och är särskilt relevant i högrisk-individer med anlag för cancer. ctDNA har också potential som prediktiv biomarkör, vilken kan användas för att följa upp svar på behandling samt spår av kvarvarande sjukdom i sporadiska cancerformer.

Vår forskning innefattar följande studier:

Canceranlagsstudien (Cancer Predisposition study, CAP) har som mål att systematiskt inkludera alla individer med ovanliga ärftliga cancerformer med och utan genetisk orsak. Målen är:

1. Att upptäcka nya genetiska förändringar som orsakar ärftlig cancer med hjälp av nya högkapacitetstekniker för parallell sekvensering av DNA/RNA.
2. Att karaktärisera ovanliga cancersyndrom i syfte att erbjuda personlig prevention.

SWEP53: Molekylär karaktärisering och kliniska aspekter av medfödda TP53-mutationer i den svenska ärftliga TP53-kohorten (nationell studie, ISRCTN13103571). Samarbetsprojekt med docent Svetlana Lagercrantz, institutionen för onkologi-patologi. Målen är att:

1. Karaktärisera den ärftliga TP53 kohorten i Sverige.
2. Utvärdera de medicinska och psykosociala effekterna av snabb helkropps-, hjärn, och bröst-MRI som uppföljningsmetod.
3. Utvärdera flytande biopsier som ett komplement till klinisk och radiologisk monitorering.

Cellfritt DNA (cfDNA) för tidig diagnos, prognos och monitorering av cancer och patienter med genetiska aberrationer. Målen är att:

1. Utvärdera cfDNA som ett komplement till klinisk och radiologisk undersökning i individer med ärftliga anlag för cancer.
2. Utvärdera cfDNA som en prognostisk biomarkör före kirurgi/behandling i cancerpatienter.
3. Utvärdera cfDNA som ett komplement till klinisk och radiologisk undersökning under uppföljning av behandlingssvar, monitorering av eventuell kvarvarande sjukdom samt för att upptäcka återfall.
4. Utvärdera cfDNA för att diagnosticera andra genetiska sjukdomar, t.ex. somatisk mosaicism

Vårt team deltar också i andra studier som syftar i att förbättra diagnostiken för ärftliga cancerformer, genom optimerad genetisk karaktärisering av specifika cancertyper och förbättrad genetisk rådgivning. Vi arbetar nära Avdelningen för klinisk genetik (Karolinska Universitetssjukhuset) med molekylär diagnostik och uppföljning av hematologiska maligniteter, samt undersökningar av patienter med ärftlig cancer. Vi är även aktiva inom Genomic Medicine Sweden (GMS) och Genomic Medicine Centre Karolinska (GMCK) genom vårt arbete med solida tumörer och flytande biopsier och vårt engagemang i European Reference Network for Genetic Tumor Risk Syndromes (GENTURIS).

Teammedlemmar