Carsten Daub
Senior Forskare | Docent
E-postadress: carsten.daub@ki.se
Telefon: +46852481224
Besöksadress: Blickagången 16, 14152 Flemingsberg
Postadress: H7 Medicin, Huddinge, H7 GUT Daub, 171 77 Stockholm
Om mig
Jag är docent och gruppledare för forskargruppen i klinisk transkriptomik vid institutionen för biovetenskaper och näringslära på Karolinska Institutet (KI). Min utbildningsbakgrund är inom kemi (magisterexamen år 2000 vid Tekniska universitetet i Berlin) och bioinformatik (doktorsexamen år 2004 vid Max Planck-institutet i Golm).
Mellan 2004 och 2006 arbetade jag som postdoktor hos Erik Sonnhammer vid Karolinska Institutet, för att därefter gå vidare till Yoshihide Hayashizakis grupp vid RIKEN Yokohama. År 2007 utnämndes jag till Team Leader vid RIKEN Omics Science Center (OSC), där jag från och med 2008 även ledde deras Bioinformatics Core Facility som föreståndare.
År 2012 återvände jag till Karolinska Institutet och Science for Life Laboratory (SciLifeLab) för att leda forskargruppen i klinisk transkriptomik. Vårt mål är att fördjupa förståelsen för den genreglering som ligger bakom olika sjukdomar. Sedan 2022 är jag föreståndare för Center for Bioinformatics and Biostatistics vid KI, och sedan 2024 innehar jag rollen som KI:s vetenskapliga direktör (Scientific Director) för SciLifeLab.
Forskningsbeskrivning
Bioinformatik, genomik, spatiell transkriptomik, bröstcancer
Artiklar
- Article: CLINICAL AND TRANSLATIONAL ALLERGY. 2025;15(9):e70108Kere MM; Bjorkander S; Merid SK; Hernandez-Pacheco N; Maier P; Merritt A-S; Bergstrom A; Kull I; Daub CO; Mjosberg J; Tibbitt CA; Melen E
- Article: SCIENTIFIC REPORTS. 2025;15(1):11327Boskovic N; Ivask M; Yazgeldi Gunaydin G; Yasar B; Katayama S; Salumets A; Org T; Kurg A; Lundin K; Tuuri T; Daub CO; Kere J
- Article: NATURE COMMUNICATIONS. 2024;15(1):9082DoGA Consortium
- Article: HELIYON. 2024;10(14):e34386Akhter T; Mileti E; Kere MM; Kolmert J; Konradsen JR; Hedlin G; Melen E; Daub CO
- Article: ISCIENCE. 2024;27(1):108638Emanuelsson EB; Arif M; Reitzner SM; Perez S; Lindholm ME; Mardinoglu A; Daub C; Sundberg CJ; Chapman MA
- Article: SCIENTIFIC REPORTS. 2023;13(1):10519Arora A; Becker M; Marques C; Oksanen M; Li D; Mastropasqua F; Watts ME; Arora M; Falk A; Daub CO; Lanekoff I; Tammimies K
- Article: NATURE GENETICS. 2022;54(7):1037-1050Baranasic D; Hortenhuber M; Balwierz PJ; Zehnder T; Mukarram AK; Nepal C; Varnai C; Hadzhiev Y; Jimenez-Gonzalez A; Li N; Wragg J; D'Orazio FM; Relic D; Pachkov M; Diaz N; Hernandez-Rodriguez B; Chen Z; Stoiber M; Dong M; Stevens I; Ross SE; Eagle A; Martin R; Obasaju O; Rastegar S; McGarvey AC; Kopp W; Chambers E; Wang D; Kim HR; Acemel RD; Naranjo S; Lapinski M; Chong V; Mathavan S; Peers B; Sauka-Spengler T; Vingron M; Carninci P; Ohler U; Lacadie SA; Burgess SM; Winata C; van Eeden F; Vaquerizas JM; Luis Gomez-Skarmeta J; Onichtchouk D; Brown BJ; Bogdanovic O; van Nimwegen E; Westerfield M; Wardle FC; Daub CO; Lenhard B; Muller F
- Article: NATURE GENETICS. 2022;54(3):283-294Sahu B; Hartonen T; Pihlajamaa P; Wei B; Dave K; Zhu F; Kaasinen E; Lidschreiber K; Lidschreiber M; Daub CO; Cramer P; Kivioja T; Taipale J
- Article: STAR PROTOCOLS. 2021;2(4):100995Ezer S; Yoshihara M; Katayama S; DoGA Consortium C; Daub C; Lohi H; Krjutskov K; Kere J
- Article: DIABETES. 2021;70(7):1486-1497Mileti E; Kwok KHM; Andersson DP; Mathelier A; Raman A; Backdahl J; Jalkanen J; Massier L; Thorell A; Gao H; Arner P; Mejhert N; Daub CO; Ryden M
- Article: MOLECULAR HUMAN REPRODUCTION. 2021;27(6):gaab035Corral-Vazquez C; Blanco J; Cigliano RA; Sarrate Z; Rivera-Egea R; Vidal F; Garrido N; Daub C; Anton E
- Article: PLOS ONE. 2021;16(4):e0250582Chireh A; Grankvist R; Sandell M; Mukarram AK; Arnberg F; Lundberg J; Daub CO; Holmin S
- Article: SCIENTIFIC REPORTS. 2020;10(1):8029Grankvist R; Chireh A; Sandell M; Mukarram AK; Jaff N; Berggren I; Persson H; Linde C; Arnberg F; Lundberg J; Ugander M; La Manno G; Jonsson S; Daub CO; Holmin S
- Article: GIGASCIENCE. 2020;9(3):giaa024Hortenhuber M; Mukarram AK; Stoiber MH; Brown JB; Daub CO
- Article: PLOS GENETICS. 2020;16(3):e1008659Kaukonen M; Quintero IB; Mukarram AK; Hytonen MK; Holopainen S; Wickstrom K; Kyostila K; Arumilli M; Jalomaki S; Daub CO; Kere J; Lohi H
- Article: BREAST CANCER RESEARCH. 2020;22(1):6Yoosuf N; Navarro JF; Salmen F; Stahl PL; Daub CO
- Article: BMC GENOMICS. 2019;20(1):718Ha TJ; Zhang PGY; Robert R; Yeung J; Swanson DJ; Mathelier A; Wasserman WW; Im S; Itoh M; Kawaji H; Lassmann T; Daub CO; Arner E; Carninci P; Hayashizaki Y; Forrest ARR; Goldowitz D
- Article: SCIENTIFIC REPORTS. 2018;8(1):13164Alhendi AMN; Patrikakis M; Daub CO; Kawaji H; Itoh M; de Hoon M; Carninci P; Hayashizaki Y; Arner E; Khachigian LM
- Article: OPEN BIOLOGY. 2018;8(8):180011Vacca A; Itoh M; Kawaji H; Arner E; Lassmann T; Daub CO; Carninci P; Forrest ARR; Hayashizaki Y; Aitken S; Semple CA
- Article: CEREBELLUM. 2018;17(3):308-325Zhang PGY; Yeung J; Gupta I; Ramirez M; Ha T; Swanson DJ; Nagao-Sato S; Itoh M; Kawaji H; Lassmann T; Daub CO; Arner E; de Hoon M; Carninci P; Forrest ARR; Hayashizaki Y; Goldowitz D
- Visa fler
Alla övriga publikationer
- Editorial: G3-GENES GENOMES GENETICS. 2020;10(11):3881Murgiano L; Becker D; Torjman D; Niggel JK; Milano A; Cullen C; Feng R; Wang F; Jagannathan V; Pearce-Kelling S; Katz ML; Leeb T; Aguirre GD; Kaukonen M; Quintero IB; Mukarram AK; Hytonen MK; Holopainen S; Wickstrom K; Kyostila K; Arumilli M; Jalomaki S; Daub CO; Kere J; Lohi H
- Editorial: PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY. 2020;16(10):e1008260Stevens I; Mukarram AK; Hortenhuber M; Meehan TF; Rung J; Daub CO
- Corrigendum: BMC GENOMICS. 2018;19(1):39Zhang P; Dimont E; Ha T; Swanson DJ; Itoh M; Kawaji H; Lassmann T; Daub CO; Arner E; Carninci P; Hayashizaki Y; Forrest ARR; Hide W; Goldowitz D
- Letter: NATURE BIOTECHNOLOGY. 2014;32(3):217-219Severin J; Lizio M; Harshbarger J; Kawaji H; Daub CO; Hayashizaki Y; Bertin N; Forrest ARR
- Corrigendum: CELL. 2010;141(2):369Ravasi T; Suzuki H; Cannistraci CV; Katayama S; Bajic VB; Tan K; Akalin A; Schmeier S; Kanamori-Katayama M; Bertin N; Carninci P; Daub CO; Forrest ARR; Gough J; Grimmond S; Han J-H; Hashimoto T; Hide W; Hofmann O; Kamburov A; Kaur M; Kawaji H; Kubosaki A; Lassmann T; van Nimwegen E; MacPherson CR; Ogawa C; Radovanovic A; Schwartz A; Teasdale RD; Tegner J; Lenhard B; Teichmann SA; Arakawa T; Ninomiya N; Murakami K; Tagami M; Fukuda S; Imamura K; Kai C; Ishihara R; Kitazume Y; Kawai J; Hume DA; Ideker T; Hayashizaki Y
- Corrigendum: NATURE GENETICS. 2009;41(7):859Taft RJ; Glazov EA; Cloonan N; Simons C; Stephen S; Faulkner GJ; Lassmann T; Forrest ARR; Grimmond SM; Schroder K; Irvine K; Arakawa T; Nakamura M; Kubosaki A; Hayashida K; Kawazu C; Murata M; Nishiyori H; Fukuda S; Kawai J; Daub CO; Hume DA; Suzuki H; Orlando V; Carninci P; Hayashizaki Y; Mattick JS
- Published conference paper: BIOINFORMATICS. 2002;18:S231-S240Steuer R; Kurths J; Daub CO; Weise J; Selbig J
Anställningar
- Senior Forskare, Medicin, Huddinge, Karolinska Institutet, 2024-
Examina och utbildning
- Docent, Bioinformatik, Karolinska Institutet, 2015
Handledning
Handledning till doktorsexamen
- Morana Vitezic, Inferring Transcriptional Regulation on the Promoter Level and Its Application to Diseases, 2013