Barntumörbanken

En svensk nationell biobank för barntumörer

Barntumörbankens uppdrag är att systematiskt samla in, lagra, analysera och distribuera material och data för forskning. Syftet är att öka förståelsen av sjukdomsmekanismer vid olika barntumörer samt därigenom bidra till att förbättra vård och behandling av barn som drabbas.

Barntumörbanken är ett samarbetsprojekt mellan Barncancerfonden, VCTB (vårdplaneringsgruppen för barn med hjärntumörer), VSTB (vårdplaneringsgruppen för solida tumörer hos barn) och de sex universitetssjukhus/centra (Stockholm, Uppsala, Lund, Linköping, Göteborg och Umeå) som ansvarar för omhändertagandet av barn med cancer.

Enligt en nationell överenskommelse är biobanken belägen vid Karolinska universitetssjukhuset i Solna samt förvaltas av Stockholms medicinska biobank (SMB).

Populationsbaserad samling och analys

Efter att diagnostiskt tumörmaterial säkrats lokalt, skickas resterande bortopererad tumörvävnad till Barntumörbanken. Patient/föräldrasamtycke krävs för insamling och biobankning av varje patientprov.

Provsamlingen innehåller hjärntumörer, neuroblastom och övriga solida tumörer hos barn samt blodprover, i vissa fall cerebrospinalvätska, liksom isolerade frysta celler från tumörbiopsier. Även blodprover från föräldrar samlas in. Den histopatologiska diagnosen av varje tumörprov konfirmeras genom central granskning.

De insamlade proverna analyseras på molekylär nivå, främst via omfattande genomisk och epigenomisk profilering (helgenomsekvensering, methyleringsarryer och RNA-sekvensering). Sekvenseringen av prover sker vid SciLifeLab och Barntumörbanken ansvarar för analys och förvaring av genererat data (via UPPMAX). Barntumörbanken har även ett samarbete med National Genomics Infrastructure: Genomics Applications Development vid SciLifeLab för utveckling av ett förfinat bioinformatiskt analysflöde av genomdata från proverna. 

En heltäckande, nationell provsamling av solida tumörer, samt analysdata, kommer bli av stort värde för den medicinska forskningen om barntumörer.

Forskning

Uttag och tillgängliggörande av analysdata och prover för forskningsprojekt sker efter inkommen ansökan och inkluderar bedömning av Barntumörbankens vetenskapliga prioriteringskommitté samt en medico-legal hantering i samråd med SMB. Alla forskningsprojekt ska vara godkända av etikprövningsnämnd.

DNA-spiral. Foto: Istockphoto.

Personal

Monica Nistér, Verksamhetschef och Provsamlingsansvarig, Professor i patologi, Karolinska Institutet
Gustaf Ljungman, Nationell klinisk ledare, Docent i barnonkologi och överläkare, Uppsala Universitet
Elisa Basmaci, Samordnare, BMA och BSc, Karolinska Institutet
Teresita Díaz de Ståhl, Genetiker, Docent i medicinsk genetik och genomik, Karolinska Institutet
Gabriela Prochazka, Biträdande samordnare, Fil. dr, Karolinska Institutet
Maxime Garcia, Bioinformatiker, Fil.dr, Karolinska Institutet
Johanna Sandgren, Projektkoordinator och Genetiker, Fil. dr och Forskarassistent, Karolinska Institutet

Styrgrupp 

Barntumörbankens styrgrupp är Barntumörbankens beslutande organ i frågor som rör strategisk planering av verksamheten och representerar flera kliniska specialiteter och forskare, från alla sex universitetssjukhus/centra som behandlar barn med cancer: barnonkologi, patologi, neurokirurgi, barnkirurgi, klinisk/translationell barncancerforskning och grundforskning.

Barncancerfondens forskningschef är adjungerad ledamot och i styrgruppen finns även patientrepresentanter. Styrgruppens ordförande utses av Barncancerfonden och är för närvarande Gustaf Ljungman.

Länkar

BiobankCancer och onkologiGenetikGenomik