Janne Lehtiös forskargrupp

This page in English

Proteomik för att förbättra behandlingen av cancerpatienter. Proteiner är en viktig grupp av biomolekyler i alla levande organismer och genomför viktiga funktioner såsom cellulär signalering, enzymatiska aktiviteter samt är viktiga för upprätthållandet av cytoskelettet och immunförsvaret.

Proteomet är proteinernas motsvarighet till genomet. Till skillnad från genomet så förändras ständigt det mänskliga proteomet beroende på stimuli från omgivningen. För att förstå mänskliga sjukdomar och för att finna effektiva behandlingar är det viktigt att förstå förändringar i proteomet. Detta kan belysas av det faktum att över 96 % av alla läkemedel påverkar proteiner.

Proteomik är ett forskningsområde som syftar till att studera globala förändringar i proteomet för att förstå proteiners funktioner i ett större biologiskt nätverk/perspektiv. Proteomik är ett samlingsnamn på flera tekniker och metoder för analys av ett proteom. Under de senaste åren har utvecklingen av masspektrometri (MS) baserade metoder för att studera proteomet varit enastående.

I vår forskargrupp utvecklar vi och använder MS-baserade proteomikmetoder för att förbättra personlig cancerterapi och för att förstå förändringar på proteinnivå i samband med sjukdomar. Ett stort antal nya läkemedelssubstanser för målinriktad cancerbehandling håller på att tas fram och introduceras på marknaden. Samtidigt är det idag många lovande läkemedel som inte används till sin fulla potential på grund av bristen på information om när och till vem läkemedlet ska ges. Därför måste vi ha markörer för att möjliggöra ett effektivt urval av läkemedel för varje patient. Vi strävar efter att använda proteominformationen för att utveckla prediktiva analysverktyg och nya molekylära markörer för att välja ut den mest effektiva behandlingen för varje enskild cancerpatient.

Vi är för närvarande bland annat engagerade i ett metodutvecklingsprojekt för att förbättra vävnads- och plasmaproteomik, exempelvis med hjälp av isoelektrisk fokusering av peptider som en pre-fraktioneringsmetod. Vi arbetar också med att förbättra analysen av posttranslationella modifieringar, analysera subcellulär relokalisering och att med så kallad riktad proteomik öka känsligheten och genomströmningen vid klinisk validering av proteomikdata. Ett korrekt fastställande av proteinnivåskillnader är beroende av hur analysmetoderna utvecklas för att förbättra kvantifieringen av proteiner. Denna typ av metodutveckling är något vi jobbar mycket med i vår grupp. Förutom att förbättra kliniska proteomikmetoder inriktar vi oss på forskning av behandlingsrelaterade proteomförändringar i endokrina tumörer samt bröst- och lungcancer.

Masspektrometrisk instrumentering

Vi använder de senaste instrumenten för proteinanalys:

  • MS LTQ Orbitrap Velos Pro, Thermo Scientific
  • MS Orbitrap Q Exactive, Thermo Scientific
  • High resolution Q-TOF 6540, Agilent
  • LC-Triple Q-MS 6410, Agilent
  • LC-Triple Q-MS 6490, with iFUNNEL system, Agilent

I samarbete med Pär Nordlunds, David Lanes, Sonia Lains and Mathias Uhlens grupper, har vi också följande instrument:

  • MS Orbitrap Fusion
  • 2x MS Q Exactive HF
  • MS MS Orbitrap Q Exactive

Lehtiös forskargrupp är en del av Science for Life Laboratory, Stockholm (www.scilifelab.se). 

Doktorandkurser

Vi anordnar två doktorandkurser varje år under hösten:

"Mass spectrometry based proteomics: When and How" (länk till kursplan) som går i oktober varje år. Kursansvariga: Rozbeh Jafari och Mattias Vesterlund

"Omics data analysis: From quantitative data to biological information" (länk till kursplan) som går i november varje år. Kursansvariga: Erik Fredlund och Lukas Orre

Ansökan till kurserna kan göras mellan 15 april och 15 maj. Ansök här.

Gruppmedlemmar

Gruppledare

Janne Lehtiö, docent

Forskningskoordinator/projektledare

Helena Bäckvall, PhD

Senior forskare

Jenny Forshed, PhD

Forskare

Henrik Johansson, PhD

Forskarassistenter

Rui Branca, PhD
Erik Fredlund, PhD
Lukas Orre, PhD
Maria Pernemalm, PhD

Post docs

Jürgen Eirich, PhD
Alejandro Fernandez Woodbridge, PhD
Oliver Frings, PhD
AnnSofi Sandberg, PhD

Davide Tamburro, PhD
Mattias Vesterlund, PhD

Doktorander

Anna Lindahl, MSc (tillhör även Anders Nordströms grupp)
Elena Panizza, MSc
John Siavelis, MD, MSc
Fabio Sociarelli, MD
Yan Zhou, MSc

Yafeng Zhu, MSc

Forskningsingenjör

Hillevi Andersson-Sand, MSc
Jessie Dahlström, MSc

Programmerare/Bioinformatiker

Jorrit Boekel, PhD

Anknutna till forskargruppen

Gianluca Maddalo, PhD
Hanna Kjellin, PhD
Claudia Fredolini, PhD

Utvalda publikationer

Multi-omic data analysis using Galaxy.
Boekel J, Chilton J, Cooke I, Horvatovich P, Jagtap P, Käll L, et al
Nat. Biotechnol. 2015 Feb;33(2):137-9

SpliceVista, a tool for splice variant identification and visualization in shotgun proteomics data.
Zhu Y, Hultin-Rosenberg L, Forshed J, Branca R, Orre L, Lehtiö J
Mol. Cell Proteomics 2014 Jun;13(6):1552-62

Retinoic acid receptor alpha is associated with tamoxifen resistance in breast cancer.
Johansson H, Sanchez B, Mundt F, Forshed J, Kovacs A, Panizza E, et al
Nat Commun 2013 ;4():2175

HiRIEF LC-MS enables deep proteome coverage and unbiased proteogenomics.
Branca R, Orre L, Johansson H, Granholm V, Huss M, Pérez-Bercoff , et al
Nat. Methods 2014 Jan;11(1):59-62

Quantitative proteomics profiling of primary lung adenocarcinoma tumors reveals functional perturbations in tumor metabolism.
Pernemalm M, De Petris L, Branca R, Forshed J, Kanter L, Soria J, et al
J. Proteome Res. 2013 Sep;12(9):3934-43

S100A4 interacts with p53 in the nucleus and promotes p53 degradation.
Orre L, Panizza E, Kaminskyy V, Vernet E, Gräslund T, Zhivotovsky B, et al
Oncogene 2013 Dec;32(49):5531-40

Defining, comparing, and improving iTRAQ quantification in mass spectrometry proteomics data.
Hultin-Rosenberg L, Forshed J, Branca R, Lehtiö J, Johansson H
Mol. Cell Proteomics 2013 Jul;12(7):2021-31

Komplett publikationslista (uppdaterad i mars 2016)

 

Kontakt:

Janne Lehtiö, professor, gruppledare, Janne.Lehtiö@ki.se

Helena Bäckvall, PhD, forskningskoordinator, Helena.Backvall@ki.se

Proteomik