Biostatistik bidrar till effektivare forskningsprocesser

Under 2009 lanserade regeringen utbyggnaden av ett 20-tal olika strategiska forskningsområden, däribland e-vetenskap. Två centra tilldelades anslag. Juni Palmgren, professor i biostatistik vid institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik, deltog i ansökan och har suttit i styrgruppen för ett av dem, The Swedish e-Science Research Center (SeRC), som koordineras från KTH och där också Karolinska Institutet, Stockholms universitet och Linköpings universitet ingår.

- Jag drev frågan att forskningen om komplexa sjukdomar vid Karolinska Institutet skulle innefattas i begreppet e-vetenskap. Biomedicinen behöver modern metodik för digital kommunikation, storskaliga beräkningar, simulering och dataintegration i forskningen.

Under 2012 startade projektet e-Science for Cancer Prevention and Control (eCPC), ett flaggskepp inom SeRC, förklarar Juni Palmgren. Projektet samordnar specifika metodfrågeställningar inom två cancercentra, dels The Center for Cancer Risk Prevention, (CRisP), dels Advancing Cervical Cancer Eradication Strategies (ACCES). Båda koordineras av institutionen för medicinsk epidemiologi och biostatistik vid Karolinska Institutet.

- eCPC är för närvarande mitt huvudsakliga forskningsfokus där jag ansvarar för biostatistisk modellering och simulering.

Det breda syftet med eCPC är att utveckla en metodologisk verktygslåda för att utvärdera effekterna av att gå från dagens uniforma screeningstrategier till att i stället identifiera högriskgrupper och introducera individuella strategier för screening och prevention.

I början ligger fokus på bröst-, prostata- och livmoderhalscancer och eCPC arbetar här i nära samarbete med CRisP och ACCES.

- Vi modellerar risker för att insjukna och prognoser som funktionen av olika markörer som genetiska faktorer, livsstilsparametrar, demografisk information, tumörkarakteristika med mera.

Målet är sedan att via datorsimulering testa individuella screeningmetoder för hög- respektive lågriskpatienter samt utfallet för olika typer av screeningprogram för de tre cancergrupperna. Screeningprogrammen utvärderas avseende återfall, dödlighet, biverkningar och kostnader.

- Vi strävar efter att formulera en generell plattform för bröst-, prostata- och livmoderhalscancer samtidigt som de tre cancerformerna har olika naturalhistoria och använder olika typer av screeninginstrument.

Data från många källor behövs

Vid sidan av traditionella riskfaktorer för bröstcancer har ett flertal gener och bröstens täthet visat sig vara viktiga prediktionsfaktorer. För prostatacancer har genetiska markörer vid sidan av PSA-test ett prediktionsvärde och för livmoderhalscancer utvärderas HPV-vaccination och HPV-test vid sidan av dagens cytologiska test.

- Vår första mer anspråkslösa målsättning är att skapa prototyper och delmål som visar att konceptet med datorsimulering är ett nyttigt planeringsverktyg innan man sjösätter större studier på människa.

Eftersom de här cancersjukdomarnas förlopp är så komplexa, behövs integrerade data från många olika källor. Simulering i dator ersätter utvärderingen av en analytisk modell, menar Juni Palmgren.

- Inom CRisP pågår redan kliniska studier, bland annat en studie i samarbete med Stockholms läns landsting som testar nya screeninginstrument för prostatacancer, den så kallade Stockholm 3-studien.

Juni Palmgrens forskning har en bred ansats genom att hon även är knuten till Institute for Molecular Medicine Finland (FIMM) vid Helsingfors universitet. Där deltar hon i metodprojekt inom genetisk populationsbaserad forskning med fokus på metabola sjukdomar och inom hjärta/kärl.

- Just nu skriver jag en metodansökan till Finlands Akademi där ett av huvudsyftena är att harmonisera registerdata mellan Sverige och Finland med fokus på psykiatriska diagnoser. Metodfrågorna skiljer sig inte avsevärt mellan olika sjukdomsområden. Det här projektet anknyter till ambitionerna att förenkla registerbaserad forskning i Sverige respektive Norden, något som ingår i mitt uppdrag vid Vetenskapsrådet.

Text: Eva Cederquist, publicerad i "Från Cell till Samhälle" 2013

Om forskningsämnet

Juni Palmgren forskar på statistiska metoder för planering och analys av biomedicinska studier, med speciell inriktning mot statistisk epidemiologi och statistisk genetik. Metodbakgrunden har hon inom statistikvetenskap med fokus på generaliserade linjära modeller, överlevnadsanalys, modeller för ofullständiga data, mätfelsmodeller samt kausalmodeller. Metodutvecklingen pågår kontinuerligt inspirerad av aktuella forskningsprojekt.

Länkar

BiostatistikProfessor